Fascinating Structure of Holliday Junction: The Crux of DNA Biophysics Studied by Molecular Dynamics Simulations
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202500001
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
25-16134S
Alternative language
Project name in Czech
Fascinující struktura Hollidayova spoje: Klíčový prvek biofyziky DNA studovaný molekulově dynamickými simulacemi
Annotation in Czech
Hollidayova spojení (HJ) představují nekanonický strukturální motiv DNA, ve kterém se dočasně spojují dohromady dva helixy. Navzdory jejich významu v biologických procesech a DNA nanotechnologii jsou naše znalosti o jejich složité dynamice a konformačních změnách omezené. Náš návrh zahrnuje sérii vzájemně propojených studií využívajících molekulově dynamických (MD) simulací k podrobnému prozkoumání HJ. Naše cíle zahrnují detailní popis všech charakteristických pohybů HJ, jako je migrace, isomerizace a paralelizace. Našim cílem je rovněž objasnit dopad variací DNA sekvence a změn koncentrace iontů. Budeme rovněž zkoumat interakce mezi HJ a proteiny. Rovněž tak vývoj modifikací silových polí přizpůsobených pro HJ zvýší přesnost simulací. Výše zmíněnými způsoby prohloubíme naše chápání biologické úlohy HJ a jejich využití při konstrukci 3D mřížek. Tím poskytneme komplexní pohled na dynamiku HJ a posuneme obor kupředu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 27, 2025
Finance
Total approved costs
5,666 thou. CZK
Public financial support
5,666 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK