Dynamics and evolution of multigene ribosomal RNA loci in Triticeae
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-17564S
Alternative language
Project name in Czech
Dynamika a evoluce multigenních lokusů pro ribozomální RNA u Triticeae
Annotation in Czech
Lokusy kódující geny pro ribozomální RNA (rDNA) patří k intenzívně studovaným komponentům genomů vyšších eukaryot. Byla prokázána jejich spojitost s organizátorem jadérka, které je největší funkční doménou v buněčném jádře a místem biogeneze ribozómů. I přes jejich význam však chybí podrobné informace o molekulární struktuře těchto oblastí a jejich evoluci, a to zejména u rostlin. Důvodem je hlavně struktura rDNA, která má charakter tandemově uspořádaných repetic, jež se obtížně sestavují a v genomových sekvencích chybí nebo jsou neúplné. V předkládaném projektu se zaměříme na studium lokusů 45S rDNA u pšenice seté a příbuzných obilovin. Pro sestavení a analýzu oblastí ribozomálních genů použijeme nový přístup založený na využití optického mapování a sekvenační technologie třetí generace s délkami čtení až 100 kb. Cílem budou minoritní lokusy rDNA a objasnění jejich role v evoluci rDNA u pšenice a dále komparativní analýza majoritních a minoritních lokusů u pšenice, ječmene a žita. Výstupem projektu budou nové poznatky o organizaci rDNA a její evoluci v rámci tribu Triticeae.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aim of the project was achieved. In wheat, minor 18S-5.8S-26S rDNA loci were characterized in a close detail. Next, data obtained revealed that contribution of particular 45S rDNA arrays to ribosomal RNA production in wheat is dynamic and not proportional to an array size. Finally, posttranscriptional modifications of ribosomal RNAs in wheat and barley were characterized.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 11, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 10, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
5,128 thou. CZK
Public financial support
4,489 thou. CZK
Other public sources
639 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK