Ecogenomics of genome-streamlined freshwater methylotrophs
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-23469S
Alternative language
Project name in Czech
Ekogenomika sladkovodních metylotrofů s evolučně zjednodušeným genomem
Annotation in Czech
Nejpočetnější planktonní mikroorganismy mají redukovaný genom a teorie „streamlining” (evolučního zjednodušení genomu) předpokládá, že ztráta genů je způsobena selekcí řízenou faktory prostředí. Až dosud způsoby zjednodušení nebyly objasněny, protože získání axenických kultur těchto mikrobů je obtížné. Vyvinuli jsme metodu zaměřenou na izolaci početných sladkovodních metylotrofů s malým efektivním genomem: ‘Ca. Methylopumilus planktonicus’ (Betaproteobacteria, 1,3 Mbp velikost genomu), které jsou ideálním modelem pro studium mechanismů mikrodioverzifikace a evolučního zjednodušení genomu. Nejbližší příbuzní kmenů ‘Ca. M. planktonicus’ obývají jezerní sedimenty a pelagiál oceanů. Navrhujeme pracovní hypotézu projektu, že původ této čeledě může být vysledován zpět k bakteriím žijícím v sedimentech se střední velikostí genomu. S využitím sekvenování genomů 150 izolovaných kmenů a hloubkové sekvenace metagenomů provedeme srovnávací populační genomiku s cílem popsat zásadní ekologické příčiny široce rozšířeného, ale stále neobjasněného jevu zjednodušení genomu u vodních bakterií.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10618 - Ecology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EH - Ecology - communities
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
9,834 thou. CZK
Public financial support
9,834 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK