Phylogeography and ecogenomics of ‘Ca. Fonsibacter’ (SAR11-IIIb)
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-03662S
Alternative language
Project name in Czech
Fylogeografie a ekogenomika 'Ca. Fonsibacter' (SAR11-IIIb)
Annotation in Czech
Bakterie ze skupiny SAR11 (‘Ca. Pelagibacterales’) tvoří dominantní populace v mořských (SAR11-I, II, IV, V), brakických (SAR11-IIIa) i sladkovodních systémech (SAR11-IIIb). Kultivace v laboratoři však představuje velkou výzvu kvůli jejich oligotrofnímu způsobu života a požadavkům na neobvyklé živiny. První úspěšná izolace sladkovodních SAR11-IIIb (‘Ca. Fonsibacter‘) se podařila teprve před dvěma lety. Vysokokapacitní vyřeďovací metodou jsme nedávno získali 13 nových kmenů a naším cílem je 50 dalších. Nejmodernějšími genomickými a experimentálními postupy chceme objasnit mikrodiverzitu SAR11, jejich predaci prvoky a interakce s dalšími mikroorganismy (WP1). Fylogeografii jednotlivých populací SAR11 elegantně zjistíme pomocí vysoce-kvalitních genomů z kultur i metagenomů (MAGs, sestavených z paralelní sekvenace krátkých a dlouhých readů) a odběrů vzorků z jezer na jižní polokouli, které navíc doplní celosvětově nevyváženou databázi. (WP2). Popíšeme evoluční změny u sladkovodních MAGs větvících se u mořských linií SAR11 a u genomů kmenů z izolovaných brakického Baltského moře (WP3).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 1, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
12,299 thou. CZK
Public financial support
12,299 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK