All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Phylogeography and ecogenomics of ‘Ca. Fonsibacter’ (SAR11-IIIb)

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    SGA0202200004

  • Main participants

    Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    22-03662S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Fylogeografie a ekogenomika 'Ca. Fonsibacter' (SAR11-IIIb)

  • Annotation in Czech

    Bakterie ze skupiny SAR11 (‘Ca. Pelagibacterales’) tvoří dominantní populace v mořských (SAR11-I, II, IV, V), brakických (SAR11-IIIa) i sladkovodních systémech (SAR11-IIIb). Kultivace v laboratoři však představuje velkou výzvu kvůli jejich oligotrofnímu způsobu života a požadavkům na neobvyklé živiny. První úspěšná izolace sladkovodních SAR11-IIIb (‘Ca. Fonsibacter‘) se podařila teprve před dvěma lety. Vysokokapacitní vyřeďovací metodou jsme nedávno získali 13 nových kmenů a naším cílem je 50 dalších. Nejmodernějšími genomickými a experimentálními postupy chceme objasnit mikrodiverzitu SAR11, jejich predaci prvoky a interakce s dalšími mikroorganismy (WP1). Fylogeografii jednotlivých populací SAR11 elegantně zjistíme pomocí vysoce-kvalitních genomů z kultur i metagenomů (MAGs, sestavených z paralelní sekvenace krátkých a dlouhých readů) a odběrů vzorků z jezer na jižní polokouli, které navíc doplní celosvětově nevyváženou databázi. (WP2). Popíšeme evoluční změny u sladkovodních MAGs větvících se u mořských linií SAR11 a u genomů kmenů z izolovaných brakického Baltského moře (WP3).

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • OECD FORD - main branch

    10606 - Microbiology

  • OECD FORD - secondary branch

  • OECD FORD - another secondary branch

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    EE - Microbiology, virology

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2022

  • Realization period - end

    Dec 31, 2024

  • Project status

    K - Ending multi-year project

  • Latest support payment

    Apr 1, 2023

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP24-GA0-GA-R

  • Data delivery date

    Feb 19, 2024

Finance

  • Total approved costs

    12,299 thou. CZK

  • Public financial support

    12,299 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK