Fundamental Principles of Protein Folding and Protein-Ligand Interactions Revealed by High-Level Quantum Chemical Calculations
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-08772S
Alternative language
Project name in Czech
Objevování základních principů struktury proteinů a protein-ligandových komplexů pokročilými metodami kvantové chemie
Annotation in Czech
Mapování konformačního prostoru biomolekul a jejich jednotlivých součástí představuje jeden z nevyřešených problémů současné teoretické chemie. Za tímto účelem chceme vyvinout sadu výpočetních nástrojů sloužících k provádění a zpracování rozsáhlých sad kvantově-chemických výpočtů, společně s extrahováním komplementárních informací ze strukturních databází. Pomocí těchto nástrojů pak chceme zodpovědět některé ze základních otázek týkajících se struktury proteinů a jejich interakcí s ligandy, případně je využít pro design nových proteinů. Konkrétně budeme studovat tzv. frustraci peptidových fragmentů v kontextu proteinu a pro různé části proteinového řetězce ji porovnáme s konzervací aminokyselinových zbytků v daném regionu, což může objasnit některé z fyzikálně-chemických principů evoluce proteinů. Výsledky budou rovněž použity pro de novo design proteinových a peptidových sekvencí s požadovanou strukturou; s nadějí, že tyto sekvence si mohou udržet některou z funkcí "mateřského" enzymu, například zachovat katalytickou aktivitu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The objectives of the project have been achieved and the published results will contribute significantly to the development of the field. The grant resulted in 11 high quality publications. The project also enabled the development of professional competences of junior staff. The management of the funds was faultless and the project can be discharged.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 12, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-U
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
8,433 thou. CZK
Public financial support
6,555 thou. CZK
Other public sources
1,743 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK