Study of structure and dynamical properties of macromolecules by methods of X-ray diffraction and computer simulation
Project goals
The aim of submitted project is: (1) Determine a three-dimensional atomic structure of selected bio-macromolecules (mutated HIV protease) and of complexes with ligands, by methods of x-ray diffraction. The experimentally determined structures will contribute to explanation of interaction between the enzyme and inhibitor or substrate and they will support the further development of potential drugs based on enzyme inhibition (inhibition of HIV protease prevents multiplication of the virus that causes thedisease AIDS). (2) Verify possibilities of application of time resolved x-ray structural analysis on explanation of dynamical properties of enzymes (e.g. HIV protease). (3) Apply methods of computer simulations (molecular dynamics, etc) on explanation ofenzyme dynamics (HIV protease), namely at substrate or product binding or release. Methods of x-ray diffraction enable study of biological macromolecules structures at atomic resolution and so contribute to explanation of structure-functio
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Main participants
Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Studium struktury a dynamických vlastností makromolekul metodami rentgenové difrakce a počítačové simulace
Annotation in Czech
Cílem projektu je stanovit 3D atomární struktury vybraných biomakromolekul (mutovaná HIV proteáza) a komplexů těchto molekul s ligandy, s pomocí rentgenové difrakce. Experimentálně zjištěné struktury přispějí k objasnění interakce enzymu s inhibitorem ase substrátem a pomohou tak při vývoji potenciálních léčiv založených na inhibici enzymů (inhibice HIV proteázy zamezuje množení viru HIV, který je příčinou onemocnění AIDS). Ověřit možnosti aplikace rentgenografické strukturní analýzy s časovým rozlišením na objasnění dynamických vlastností enzymů (HIV proteáza). Aplikovat metody počítačové simulace (molekulární dynamika apod.) na objasnění dynamického chování enzymů (HIV proteázy), zejména při vazbě substrátu nebo uvolnění produktu reakce. Metody rentgenové difrakce umožňují studium struktury biologických makromolekul v atomárním rozlišení a tím přispívají k objasnění vztahu mezi strukturou a funkcí významných biochemických mechanismů např. u enzymů (HIV proteáza). Vývoj léčiv proti AIDS s
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Byly získány významné výsledky a projekt tak přispěl k úspěšnému řešení nosného grantu garanta. Závěrečná karta informuje objektivně o průběhu řešení a jeho výsledcích, které byly nebo budou publikovány v mezinárodních časopisech (1 článek již publikovan
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2000
Realization period - end
Jan 1, 2003
Project status
S - Stopped (prematurely terminated) multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Data delivery date
Apr 1, 2003
Finance
Total approved costs
432 thou. CZK
Public financial support
322 thou. CZK
Other public sources
144 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
432 CZK thou.
Public support
322 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CE - Biochemistry
Solution period
01. 01. 2000 - 01. 01. 2003