CpG methylation of human endogenous retroviruses and LINEs
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/05/0939
Alternative language
Project name in Czech
CpG methylace lidských endogenních retrovirů a LINE
Annotation in Czech
Methylace DNA v dinukleotidech CpG je klíčovým regulátorem genové exprese u obratlovců, zejména u teplokrevných, a většina dinukleotidů CpG mimo CpG ostrovy je methylována na cytosinu. To platí zejména pro sekvence retrotransposonů a retroelementů, kteréjsou všeobecně považovány za genomové parasity. Není však známo téměř nic o methylaci jednotlivých kopií těchto elementů, ačkoli tvoří podstatnou část lidského genomu. V rámci předkládaného projektu bychom chtěli porovnat úroveň methylace u vybraných lidských LINE z evolučně mladých a naopak starých rodin, a to zejména s ohledem na jejich retrotransposiční aktivitu. Dále budeme analysovat methylaci v dlouhých koncových opakovaných sekvencích (LTR) u vybraných členů lidských endogenních retrovirů rodinyW (HERV-W) a jejich pseudogenů generovaných pomocí LINE. Zvláštní pozornost pak věnujeme syncytinu, úplnému HERV-W na chromosomu 17, který kóduje protein navozující fúzi buněk při diferenciaci syncytiotrofoblastu v placentě. Zde bychom se chtěli
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
We have described multiple epigenetic regulatory events at promoters of human endogenous retroviruses encoding the fusiform envelope glycoproteins (syncytin 1 and 2). We have shown an efficient transcriptional suppression of these proviruses by DNA methy
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GA-U/04:3
Data delivery date
Dec 16, 2008
Finance
Total approved costs
3,647 thou. CZK
Public financial support
3,647 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK