Identification of amino acid residues of the HsdS and HsdR subunits required for correct assembly of Type I restriction-modification enzyme EcoR124I
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/07/0325
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace aminokyselinových zbytků podjednotek HsdS a HsdR nutných pro správné sestavení restrikčně-modifikačního enzymu Typu I EcoR124I
Annotation in Czech
Zaměříme se na identifikaci aminokyselinových zbytků podjednotek HsdR a HsdS nutných pro sestavení restrikčně-modifikačního enzymu (R-M) Typu I EcoR124I. Klíčová úloha podjednotky HsdS spočívá jednak ve specifickém rozpoznání cílové sekvence na DNA, jednak v interakci s podjednotkami HsdM a HsdR, zatím co podjednotka HsdR představuje vlastní motor enzymů Typu I, neboť je zodpovědná za vazbu ATP, jeho hydrolýzu a následnou translokaci. HsdS je jediná lichá podjednotka v tomto komplexním enzymu, nabízí se proto možnost využít mutanty HsdS se změněnou vazbou do komplexu pro asymetrické sestavení s motorovou podjednotkou HsdR. Chceme najít optimální kombinaci mutací eliminujících štěpení DNA a mutací ovlivňujících sestavování, vnesených současně do podjednotky HsdR, a ve spojení s mutantní podjednotkou HsdS připravit stabilní komplex R1 schopný jednosměrné translokace. DNA translokační aktivita enzymu bude zkoumána pomocí stopped-flow fluorimetru a magnetické pinzety. Tím se propojí genetické
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The objective of the project was the analysis of the effect of HsdS and HsdR mutant subunits on the assembly and function of the complex restriction-modification enzyme EcoR124I. The HsdR motor subunit has amino-acid sequence motifs typical of thesuperfamily 2 (SF2) of DNA helicases and many endonucleases. We prepared a number of cleavage mutants in the PD-(E/D)xK endonuclease domain of
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2010
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 16, 2010
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-GA0-GA-U/03:3
Data delivery date
Feb 9, 2015
Finance
Total approved costs
4,165 thou. CZK
Public financial support
4,165 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK