Endonuclease and translocase activity in type I restriction-modification complexes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Centrum výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i.<br>Masarykova univerzita / Lékařská fakulta<br>Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P207-12-2323
Alternative language
Project name in Czech
Endonuleazová a translokázová aktivita v restričních-modifikáčních komplexéch typu I
Annotation in Czech
Restrikční-modifikační enzymy typu I se významně liší od enzymů typu II, použiváných při klonovaní v molekulární biologii. V případě nemetylovaných DNA cílových sekvencí se u nich indukuje aktivita vedoucí k rychlému protahování tisíců párů bází enzymem, po kterém následuje nespecifické štěpení DNA. Krystalová struktura intaktní motorové podjednotky enzymu EcoR124I, zodpovědná za DNA translokaci a její štěpení, byla vyřešena v naší laboratoři a na zakladě mutageneze a proteinové krystalografie jsme navrhovali mechanizmus spřažení endonukleázové a DNA translokační aktivity. Tento projekt bude aplikovat difrakci, vytvořeni modelů a molekulárně-dynamické simulace, mutaganéze, biochemické, biofyzikální a in vivo analýzy k získání mechanistických dat, které budou vysvětlovat strukturu a funkci více-podjednotkového enzymového komplexu. Porovnávací pokusy získaných znalostí s jinými DNA translokázami slouži přitom k identifikaci všeobecně platných principů interakce podjednotek a domén, které tvoří základ pro jejich funkci.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was done in agreement with the approved proposal, all aims were achieved. Students were participating. The collaboration between the applicant and co-applicant is explained in the protocol, however there only one common publication which is surprising. From 40 dedicated publications, at most 21 is a true result of the grant.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 5, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 24, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/05:1
Data delivery date
Jun 25, 2019
Finance
Total approved costs
14,931 thou. CZK
Public financial support
14,931 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK