Conformational polymorphism and expansion fo the (CNG)n and related microsatellite DNA sequences
Project goals
Conformational polymorphism is a likely cause of microsatellite expansions in genomes. In some cases the expansions result in serious, mainly neurodegenerative diseases. In this project, we propose to study conformational properties of model DNA oligonucleotides containing trinucleotide and related, mostly tetranucleotide, tandem repeats, and correlate the conformational properties with the oligonucleotide expansion during replication in vitro. For these studies, we will use CD and UV absorptionspectroscopy, gel electrophoresis, PCR and eventually further methods. Results sof the project will contribute to an understanding of microsatellite expansion in genomes and the role of DNA conformational polymorphism in the expansion.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
—
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konformační polymorfie a prodlužování mikrosatelitů (CNG)n a příbuzných sekvencí v DNA
Annotation in Czech
Konformační polymorfie je pravděpodobnou příčinou prodlužování mikrosatelitů v genomech. Toto prodlužování v některých případech vede k závažným, zejména neuro-degenerativním onemocněním. V tomto projektu navrhujeme studovat na modelových molekulách DNAkonformační vlastnosti trinukleotidových a příbuzných, zejména tetranukleotidových mikrosatelitů a tyto konformační vlastnosti korelovat s jejich prodlužováním při replikaci in vitro. K tomuto účelu použijeme CD a UV absorpční spektroskopii, polyakrylamidovou gelovou elektroforézu, PCR a případně další metody. Výsledky projektu přispějí k pochopení mechanismů prodlužování mikrosatelitů v genomech a úlohy konformační polymorfie DNA v tomto prodlužování.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Prodlužování mikrosatelitů (CNG)n v lidském genomu je fenomén, způsobující řadu závažných onemocnění. Výsledky řešení ukázaly, že a) mikrosatelity mohou mít různou konformaci, b) popsány byly detaily změn u satelitu z genu pro protein chrupavky, c) překv
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1998
Realization period - end
Jan 1, 2000
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2001/GA0/GA01GA/U/N/9:4
Data delivery date
—
Finance
Total approved costs
2,404 thou. CZK
Public financial support
1,775 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
2 404 CZK thou.
Public support
1 775 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 1998 - 01. 01. 2000