How plant transposable elements contribute to the genomic landscape and organization of interphase nucleus
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-00580S
Alternative language
Project name in Czech
Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázního jádra
Annotation in Czech
Transpozony (transponovatelné elementy) představují významnou část rostlinných genomů, avšak jejich evoluční dynamika a vliv na fungování buňky stále zůstávají do značné míry nepochopeny. V rámci navrhovaného projektu budeme pomocí bioinformatických nástrojů i experimentálně studovat různé aspekty života transpozonů v rostlinných genomech - jejich věk, vlny amplifikací, strukturní rysy, inzerční preference, rozsah jejich genové konverze a ektopické rekombinace stejně jako vliv těchto procesů na genom. Množství a lokalizaci centromerických LTR retrotranspozonů u holocentrických chromozomů (celý chromozom funguje jako centroméra) porovnáme s příbuznými monocentrickými druhy. Pomocí moderní metody Hi-C budeme testovat potenciální vzájemné interakce transpozonů a jejich příspěvek k organizaci interfázního jádra. Naše výsledky přispějí k pochopení struktury, funkce a evoluce transpozonů. Porozumění jejich regulaci umožní ovlivňovat jejich aktivitu, což poskytne možnost zvýšení genetické variability, tolik potřebné při šlechtění plodin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
Mar 6, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
May 21, 2024
Finance
Total approved costs
10,014 thou. CZK
Public financial support
9,852 thou. CZK
Other public sources
84 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK