Genomic formation of Indo-Europeans: new approaches to genetic admixture modelling guided by simulated data.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Ostravská univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-27624S
Alternative language
Project name in Czech
Genomická formace indoevropanů: nové přístupy k modelování genetického mísení řízené simulovanými daty.
Annotation in Czech
Obor lidské archeogenetiky právě prochází obrovským růstem a sekvenují se tisíce starověkých jedinců ročně. Zatímco protokoly pro sekvenování starobylé DNA se staly standardizovanými a dosáhly až průmyslového měřítka, standardizace protokolů pro analýzu dat zatím chybí. Největší pozornost byla doposud zaměřena na Neolit a pozdější období v západní Eurasii. Tato oblast je charakteristická vysokou mírou pohybu a míšením různých skupin lidí, což činí analýzu genetických dat komplexním problémem. Klíčové výsledky o genetickém původu lidí mluvících Indo-Evropskými jazyky byly získány pomocí populárního algoritmu pro modelování mísení populací qpAdm, který však nikdy nebyl testován na realisticky komplexních simulacích. Naše předběžné výsledky ukazují, že běžné protokoly qpAdm vedou k vysokým falešně pozitivním hodnotám protože předpoklady metody jsou často porušovány. Navrhujeme optimalizovat protokoly qpAdm s využitím simulovaných dat a pak ověřit klíčové objevy o historii Indoevropanů, a pomocí grafu mísení a qpAdm získat nové výsledky o genetickém původu lidí Jámové kultury.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2021
Realization period - end
Jun 30, 2024
Project status
—
Latest support payment
Apr 1, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
5,190 thou. CZK
Public financial support
5,190 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK