Characterizaton of a novel deep-branching eukaryote with plesiomorphic mitochondria
Project goals
Although inconspicuous and possibly less species-rich than the metazoans or plants, the protists represent a vast majority of deep evolutionary lineages of eukaryotic organisms. The understanding of the evolution of eukaryotes and the eukaryotic cell has been dramatically informed by the discovery of novel protist lineages. The undescribed organism SUM-K, recently isolated in our laboratory, is likely such an influential protist. It represents a deep-branching eukaryotic lineage and has a high number of unique traits, including a possibly plesiomorphic mitochondrion with a versatile energetic metabolism and a complex genome with a gene of bacterial origin that has never been found in any other mitochondrion. In addition, SUM-K has a novel type of extrusive organelles. We will carry out a detailed investigation of this organism using a combination of several approaches, namely genomics and phylogenomics, comparative transcriptomics, ultrastructural analysis including FIB-SEM, and cell biology methods. The results should significantly advance our knowledge of eukaryote evolution.
Keywords
protistmitochondriongenometranscriptomephylogenomic analysis
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-30563S
Alternative language
Project name in Czech
Charakterizace nové hluboké linie eukaryot s plesiomorfními mitochondriemi
Annotation in Czech
I když jsou protisté nenápadné organismy a jsou pravděpodobně méně druhově bohatí než živočichové a rostliny, představují většinu hlubokých evolučních větví eukaryot. Pojetí evoluce eukaryot a eukaryotické buňky se v poslední době dramaticky proměnilo s objevy nových protistních skupin. Jedním ze zásadních nových protist je dosud nepopsaný organismus SUM-K izolovaný v naší laboratoři. Představuje novou hlubokou evoluční linii eukaryot a vyznačuje se řadou unikátních vlastností, jako je plesiomorfní mitochondrie s versatilním energetickým metabolismem a komplexním genomem. Tento mitochondriální genom navíc obsahuje gen bakteriálního původu, který dosud nebyl v žádné mitochondrii nalezen. Kromě toho má SUM-K nový typ extruzivních organel. Cílem projektu je provést detailní analýzu organismu SUM-K s použitím kombinace přístupů, konkrétně genomiky a fylogenomiky, srovnávací transkriptomiky, ultrastrukturní analýzy včetně použití FIB-SEM a metod buněčné biologie. Výsledky by měly zásadním způsobem ovlivnit pohled na evoluci eukaryotických organismů.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
Mar 6, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
May 21, 2024
Finance
Total approved costs
6,315 thou. CZK
Public financial support
6,315 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
6 315 CZK thou.
Public support
6 315 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 01. 2021 - 31. 12. 2023