Unravelling the early evolution of the eukaryotic cell through exploring the genomes of the eukaryotic superphylum Discoba
Project goals
Eukaryotes have evolved an enormous diversity of cellular organization and its molecular underpinnings. However, many fundamental aspects concerning the early evolutionary history eukaryotes and their cells still remain murky. Discoba is a recently defined superphylum embracing diverse unicellular eukaryotes (protists) with potentially primitive cellular and genomic features; some hypotheses even place the root of the eukaryote phylogeny into the Discoba. However, better understanding of the position and role of the Discoba in eukaryote evolution is hampered by a very limited and highly biased sampling of discoban genome sequences. We therefore propose a project to sequence, annotate, and analyse the genomes of several discobans and of a representative of the enigmatic eukaryotic lineage Malawimonadida exhibiting morphological affinities to Discoba. The genomic resources generated by the project will be explored in a comparative framework to illuminate the biology of the sequenced organisms and, particularly, to answer central questions of early eukaryote evolution and phylogeny.
Keywords
eukaryotesevolutionphylogenyDiscobaMalawimonadidaExcavatagenomicsmitochondrion
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Main participants
Ostravská univerzita / Přírodovědecká fakulta
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-24983S
Alternative language
Project name in Czech
Odhalování časné evoluce eukaryotické buňky průzkumem genomů eukaryotického nadkmene Discoba
Annotation in Czech
Eukaryota se vyvinula do obrovské rozmanitosti na úrovni buněčné organizace i jejích molekulárních základů. Mnoho zásadních aspektů časné evoluční historie eukaryot a jejich buněk však stále zůstává nejasných. Discoba jsou nedávno ustanoveným nadkmenem zahrnujícím rozmanitá jednobuněčná eukaryota (protista) s potenciálně primitivními buněčnými a genomovými znaky; některé hypotézy dokonce předpokládají, že kořen eukaryotické fylogeneze leží právě ve skupině Discoba. Přesnějšímu pochopení pozice a role diskobů v evoluci eukaryot brání velmi omezený a nerovnoměrný sampling genomových sekvencí diskobů. Proto navrhujeme projekt sekvenování, anotace a analýzy genomů několika diskobů a jednoho zástupce záhadné eukaryotické linie Malawimonadida morfologicky podobné diskobům. Získaná genomová data budou prozkoumána postupy srovnávací genomiky s cílem osvětlit biologii sekvenovaných organismů a především zodpovědět ústřední otázky časné evoluce a fylogeneze eukaryot.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project was solved at excellent level and yielded important knowledge on the diversity of eukaryotic organisms and their phylogenetic relationships at global level as well as at the level of particular groups. The results contribute significantly to the efforts aiming at unravelling the early stages of eukaryotic cell evolution. The results were published in 23 quality scientific journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 4, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
11,182 thou. CZK
Public financial support
11,182 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
11 182 CZK thou.
Public support
11 182 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EG - Zoology
Solution period
01. 02. 2013 - 31. 12. 2016