Viromics of the European house mouse hybrid zone: a model to understand how viruses cross host species barriers
Project goals
Many emerging diseases are caused by viruses crossing species barriers from their host of origin and high throughput sequencing (HTS) has led to unprecedented discoveries of virus diversity, even in well-studied models such as the house mouse. We aim to use the well-understood species barrier of the European house mouse hybrid zone (HMHZ) as an optimal context to investigate the factors involved in viral emergence with particular focus on recombination and reassortment. Using probe enrichment and HTS technology we will carry out an extensive screening of viruses across one ‘old contact’ and one ‘recent contact’ transect of the HMHZ. We will then summarize ecological and host factors associated with the geographic distribution of the viral community across the HMHZ, identify recombination/reassortment events, and contrast pattern and process for different viral genome architectures and transmission pathways through the rodent community.
Keywords
hybrid zonerecombinationemergencevirusescapture-based target enrichmenthigh throughput sequencing
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-32394S
Alternative language
Project name in Czech
Viromika myši domácí na hybridní zóně v Evropě: model pro studium šíření virů a překonávání druhových bariér
Annotation in Czech
Mnoho emergentních onemocnění je způsobeno viry, které jsou schopné překonat druhové bariéry. Sekvenování "High throughput sequencing" (HTS) vedlo k bezprecedentním objevům týkajících se rozmanitosti virů, a to i v dobře studovaných modelech, jako je myš domácí. Naším cílem je využít známý kontext evropské hybridní zóny myši domácí (HZMD) ke zkoumání faktorů, které se podílejí na šíření virů se zvláštním zaměřením na jejich rekombinaci a genetickou přestavbu. Díky cílenému obohacení genomu metodou “capture-based” a HTS provedeme rozsáhlý screening virů ve "staré" a "recentní" části HZMD. Následně se zaměříme na faktory prostředí a hostitelů s ohledem na geografickou distribuci virové komunity napříč HZMD. Rovněž budeme identifikovat události rekombinace/genetické přestavby, porovnáme vzory a procesy pro různé genomové architektury virů a jejich přenos v komunitě hlodavců.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - secondary branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - another secondary branch
—
EA - Morphology and cytology
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
10,779 thou. CZK
Public financial support
10,779 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
10 779 CZK thou.
Public support
10 779 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Infectious Diseases
Solution period
01. 01. 2022 - 31. 12. 2024