Deciphering the relationship between homologous recombination and gene silencing
Project goals
The simultaneous activity of transcription and replication or DNA repair in the same genomic region can lead to genome instability and requires tight regulation. Recently, an intriguing connection between homologous recombination (HR) and gene silencing has been observed, but the underlying processes remain unknown. In this project, we aim to elucidate these processes and identify the players and mechanisms involved using fission yeast as a model. We will use a multileveled approach integrating transcriptional, chromatin, and molecular analyses to show that gene silencing is an inherent mechanism of the recombination-dependent replication pathway. We will show that silencing depends on replication fork barriers and occurs primarily during DNA replication. We will also identify the chromatin changes and molecular mechanisms responsible, including a key role for the SMC5/6 complex. Given the enigmatic role of SMC5/6 and other involved factors in restricting viral DNA transcription, a deeper understanding of their link to gene silencing is of utmost importance.
Keywords
gene silencinghomologous recombinationrecombination-dependent replicationreplication fork barrierSMC5/6 complexchromatinprotein interactionsfission yeastSchizosaccharomyces pombe
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05284S
Alternative language
Project name in Czech
Rozluštění vztahu mezi homologní rekombinací a umlčením genů
Annotation in Czech
Současná aktivita transkripce a replikace nebo opravy DNA ve stejné genomové oblasti může být významným zdrojem nestability genomu a vyžaduje vhodnou regulaci. Nedávno byla pozorována zajímavá souvislost mezi homologní rekombinací (HR) a umlčením genů, ale odpovědné procesy zůstávají neznámé. V tomto projektu se pokusíme tyto procesy objasnit a identifikovat zúčastněné hráče a mechanismy s využitím poltivé kvasinky jako modelového organismu. Použijeme víceúrovňový přístup, který integruje transkripční, chromatinové a molekulární analýzy, abychom ukázali, že umlčování genů je inherentním mechanismem replikační dráhy závislé na rekombinaci. Ukážeme, že umlčení závisí na bariérách replikační vidlice a vyskytuje se převážně během replikace DNA. Také identifikujeme zodpovědné změny chromatinu a molekulární mechanismy, včetně klíčové role komplexu SMC5/6. Vzhledem k nejasné úloze SMC5/6 a dalších podílejících se faktorů v omezení transkripce virové DNA je hlubší pochopení jejich propojení s umlčováním genů velmi důležité.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Mar 28, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
7,260 thou. CZK
Public financial support
7,260 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
7 260 CZK thou.
Public support
7 260 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Biochemistry and molecular biology
Solution period
01. 01. 2023 - 31. 12. 2025