Loss of specific DNA repeats in response to dysfunction of CAF1 in plants
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P501-11-0289
Alternative language
Project name in Czech
Ztráta specifických repetic DNA v důsledku dysfunkce CAF1 u rostlin
Annotation in Czech
Chromatin assembly factor 1 (CAF1) je třísložkový histonový chaperon, který ukládá histony H3/H4 na replikující se DNA. Mutanti Arabidopsis v CAF1 vykazují abnormální morfologii, změny v umlčování genů a zvýšenou homologní rekombinaci. Naše pilotní studie ukázala, že dysfunkce CAFI má za následek zkracování telomer a značnou ztrátu 45S rDNA, aniž by byly ovlivněny ostatní DNA repetice v genomu Arabidopsis. Pomocí genetických a biochemických přístupů budeme testovat naši hypotézu, že pozorovaná ztráta telomer a 45S rDNA je způsobena neúplnou replikací (v důsledku zastavující se replikace v těchto lokusech) a následných opravných procesů. Bude rovněž zkoumána účast jiných mechanismů (např. nedostatečnost telomerázy, kolize transkripce a replikace). Příčinná role mutací v CAF1 bude testována zpětným křížením a komplementací s cílem indukovat možnou reverzi genomických změn. Cílem projektu je tedy objasnit vzájemný vliv genetických a epigenetických procesů (sestavování chromatinu, replikace, rekombinace a oprav DNA, udržování telomer) na stabilitu genomu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Solution of the project resulted in detailed description of a novel type of genetic instability caused by disruption due to knock-out of fas genes. The fas -/- mutants show progressive loss of telomere and 45S rDNA repeats. Non-homologous recombination contributes to this loss. Six papers in highly impacted journal describe results of this project. This project was evaluated "excellent".
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 20, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
8,686 thou. CZK
Public financial support
8,686 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK