Molecular mechanisms of snRNP quality control
Project goals
Small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs) are key components of the spliceosome that catalyzes pre-mRNA splicing. The biogenesis of snRNP occurs in several steps, and errors in their formation underlie some hereditary diseases. In our laboratory, we have already shown that cells are able to detect incomplete and defective snRNPs and sequester them in specific cellular compartments. In this project we focus on the molecular mechanisms of snRNP quality control that discriminates between mature and incomplete/defective particles. We will specifically focus on two aspects of snRNP surveillance. We will investigate the role of the 5' cap, its methylation and factors of innate immunity that interact with the 5' end of RNA in monitoring the early steps of snRNP biogenesis. We will also test the hypothesis that coilin is a factor that specifically controls final steps of snRNP assembly. We will explore whether coilin specifically recognizes incomplete snRNPs and sequesters them in Cajal bodies, and we will investigate the molecular details of coilin interaction with snRNPs.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-11157S
Alternative language
Project name in Czech
Molekulární mechanismy kontroly kvality snRNP částic
Annotation in Czech
Malé jaderné ribonukleoproteinové (snRNP) částice jsou klíčovými komponenty sestřihového komplexu, který katalyzuje sestřih pre-mRNA. Skládání snRNP částic probíhá v několika krocích a chyby v jejich formování jsou v pozadí některých dědičných onemocnění. V naší laboratoři jsme již ukázali, že buňky jsou schopné odhalit neúplné a defektní snRNP a zachytit je ve specifických buněčných kompartmentech. V tomto projektu se zaměřujeme na molekulární mechanismy kontroly kvality komplexů snRNP, které rozlišují mezi zralými a nekompletními/defektními částicemi. Zaměříme se na dva specifické prvky kontroly snRNP částic. Budeme zkoumat roli 5' čepičky, její metylace a faktorů vrozené imunity, které interagují s 5' koncem RNA, v monitoringu časných fází biogeneze snRNP částic. Dále otestujeme hypotézu, že coilin je faktorem, který kontroluje závěrečné kroky skládání komplexů snRNP. Otestujeme, zda coilin specificky rozpoznává nekompletní snRNP a zachycuje je v Cajalových tělíscích a budeme zkoumat molekulární detaily interakce coilinu s snRNP.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Jun 3, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
12,007 thou. CZK
Public financial support
11,830 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
177 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
12 007 CZK thou.
Public support
11 830 CZK thou.
98%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Biochemistry and molecular biology
Solution period
01. 01. 2024 - 31. 12. 2026