Prp8:RNA interactions in Retinitis pigmentosa - novel disease models to study cause and consequence of splicing errors in neurodegenerative diseases
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
International projects
Call for proposals
Mezinárodní projekty 13 (SGA0201800003)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-01911J
Alternative language
Project name in Czech
Interakce hPrp8:RNA při Retinitis pigmentosa – nový model nemoci pro studium příčin a následků sestřihových chyb při neurodegenetativních onemocněních
Annotation in Czech
Protein PRPF8 je vysoce konzervovaný sestřihový faktor, který je součástí malé ribonukleoproteinové částice U5 (U5 snRNP) a působí v katalytickém jádře spliceosomu. Mutace lidského PRPF8 způsobují autosomálně dominantní onemocnění sítnice nazývané retinitis pigmentosa (RP). Nejvýznamnějšími projevy RP je ztráta fotoreceptorových buněk, degenerativní změny pigmentového epitelu sítnice (RPE) a dysfunkce fagocytosy. Ukázali jsme, že mutace Y2334N vázaná na RP způsobuje chybný sestřih specifických transkriptů, aniž by došlo k ovlivnění skládání částice tri-snRNP. To naznačuje, že může být narušena interakce s odpovídající pre-mRNA. Pomocí editačního nástroje CRISPR/Cas9 vložíme do genu kódujícího PRPF8 v buňkách RPE mutaci Y2334N a značku GFP, přičemž tento protein bude exprimovaný z endogenního lokusu. S využitím pokročilých molekulárně biologických metod iCLIP a RNA-Seq budeme identifikovat transkripty ovlivněné RP mutací a budeme zkoumat jejich molekulární vlastnosti ve vhodném buněčném kontextu. Provedeme funkční validaci cílových genů zjištěných metodou iCLIP.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10601 - Cell biology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GC-R
Data delivery date
Feb 21, 2022
Finance
Total approved costs
6,487 thou. CZK
Public financial support
6,241 thou. CZK
Other public sources
246 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK