Elucidating the molecular mechanisms of DNA crosslink repair by replication-coupled DNA repair
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-12306S
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění molekulárních mechanismů opravy příčných vazeb v DNA vázané na replikaci DNA
Annotation in Czech
Každý den se v každé lidské buňce vytvoří desítky tisíc abazických (Ap) míst. Ap místa mohou spontánně tvořit tzv. kovalentní mezivláknové křížové vazby DNA (Ap-ICL). Obecně tzv. kroslinky nebo ICL (z angl. interstrand DNA crosslink) blokují replikaci a mohou vést ke genomové nestabilitě, buněčné smrti nebo rakovině. Při srážce s Ap-ICL je helikáza replikačního aparátu ubikvitylována ligázou TRAIP E3. Glykosyláza NEIL3 je poté rekrutována prostřednictvím ubikvitinových řetězců a interakce své domény zinkového prstu (NZF), k opravě Ap-ICL. V tomto projektu budeme zkoumat molekulární mechanismy, kterými TRAIP usnadňuje opravu ICL spojenou s replikací, identifikací ubikvitinových vazeb. Určíme úlohu mutací TRAIP u pacientů a jejich vliv nebo dysregulaci na opravu ICL. Odhalíme také mechanismy náboru NEIL3 k opravě pomocí NZF. Kromě toho odhalíme mechanismus stojící za specificitou NEIL3 vázat jednořetězcovou DNA a přitom opravovat ICL mezi dvěma DNA řetězci. Rovněž objasníme molekulární architekturu NEIL3 navázaného na DNA s Ap-ICL a navrhneme reakční mechanismy opravy Ap-ICL.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - another secondary branch
30101 - Human genetics
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Feb 27, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
8,858 thou. CZK
Public financial support
8,489 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
369 thou. CZK