The giants among Lilliputians: genome obesity in crucifers
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202500001
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
25-16142S
Alternative language
Project name in Czech
Obři mezi trpaslíky: genomová obezita u brukvovitých
Annotation in Czech
Značná variabilita velikosti genomů rostlin je způsobená existencí druhů s obřími i trpasličími jadernými genomy. Největší variabilitu velikosti genomů v čeledí brukvovitých (Brassicaceae) vykazuje supertribus Hesperodae. Zatímco druhy supertribu jsou diploidní, rozdíly ve velikosti jejich genomů dosahují 16násobku a rozdíly ve velikosti chromosomů jsou až 20násobné. Ačkoliv tato genomická variabilita nabízí široké možnosti pro komparativní a evoluční genomiku, tato je omezena neexistujícími genomickými zdroji. Domníváme se, že tyto genomové rozdíly jsou primárně způsobeny proliferací transpozibilních elementů (TE) a současně snad i mechanismy potlačující aktivitu TE. Plánujeme analyzovat a porovnat obří a malé Hesperodae genomy s použitím sekvenování dlouhých čtení, epigenomických a cytogenomických metod s cílem objasnit, jak různá tolerance k aktivitě TE determinuje rozdíly ve velikosti genomů a chromosomů, architektuře chromosomů a 3D organizaci chromatinu v supertribu Hesperodae. Náš výzkum etabluje Hesperodae jako idealní skupinu komparativního výzkumu v rámci modelové čeledi.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 1, 2025
Finance
Total approved costs
11,591 thou. CZK
Public financial support
11,080 thou. CZK
Other public sources
511 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK