Analysis of gene clusters involved in biosynthesis of manumycin-type metabolites
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 2 (SGA02003GA-ST)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Analýza skupin genů podílejících se na biosyntéze metabolitů manumycinového typu
Annotation in Czech
Záměrem tohoto návrhu je izolovat a charakterizovat skupiny genů zodpovědné za biosyntézu sekundárních metabolitů manumycinového typu. Jeden z představitelů této skupiny, asukamycin, je produkovaný kmenem Streptomyces nodosus var. asukaensis.Předpokládáme, že celý soubor genů zabírá na chromozómu oblast o velikosti přibližně 100 kb. Chtěli bychom určit funkci většiny ORF detekovaných v sekvenci DNA. K tomu bude použita analýza in silico, disrupce genů a analýza intermediátů antibiotika.Především se chceme zaměřit na podrobnou charakterizaci enzymů a genů podílejících se na tvorbě m-C7N a C5N skupin. Biosyntéza těchto, pro tuto skupinu metabolitů nejvíce charaktenstických struktur, není dosud podrobněji známa. Součástí projektu bude téžstudium regulacebiosyntézy kyseliny ?-aminolevulové (ALA) v S. nodosus var. asukaensis s ohledem na produkci asukamycinu a porphynnů. Na základě našich předběžných výsledků hodláme provést průzkum přítomnosti obou biosyntetických drah pro ALA u řady
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EI - Biotechnology and bionics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aim of the proposal was to isolate and to characterise gene clusters responsible for the biosynthesis of manumycin-type secondary metabolites. Two members of that group of compounds, asukamycin and manumycin A, are produced by Streptomyces nodosus va
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GA-U/07:6
Data delivery date
Jan 15, 2009
Finance
Total approved costs
4,617 thou. CZK
Public financial support
4,617 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK