Development of flax microsatelite markers
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Main participants
Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj mikrosatelitních markerů pro len
Annotation in Czech
Podstatou řešení projektu je vývoj mikrosatelitních (SSR) markerů pro identifikaci a rozlišení kultivarů a genotypů lnu. Kultivar specifické mikrosatelitní markery budou generovány a) pomocí "microsatellite-directed PCR" (MS-PCR), b) skrinováním SSR-obohacených knihoven. Projektová aktivita b) bude realizována v rámci mezinárodního lnového konzorcia koordinovaného z Kanady. V rámci této spolupráce náš tým bude garantovat osekvenování nejméně 100 klonů ročně z mikrosatelitních knihoven. Navrhována testování primerů pro SSR lokusy bude pak směřovat k vyvinuti rutinního PCR testu pro identifikaci kultivarů lnu. SSR markery z MS-PCR budou klonovány a testován jejich polymorfismus s cílem konstrukce kultivarových diskriminátorů pro rutinní fingerprinting lnu. Data z fingerprintingových testů kultivarů budou zpracovávána v softwarovém prostředí "GelCompar", což je mezinárodně uznávaný standard (požadovaný jako investice). SSR sekvence, "flanking primer" sekvence a data fingerprintingu
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
GE - Plant cultivation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EA - Morphology and cytology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10601 - Cell biology<br>10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Cílem projektu byl vývoj mikrosatelitních markerů lnu. Byla optimalizována metoda ISSR-PCR pro fingerprinting lnu. Během projektu byla provedena clusterová analýza 53 odrůd lnu a byla vytvořena obohacená genomová knihovna. Řešitel výsledky a průběh řešen
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2000
Realization period - end
Jan 1, 2002
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2003/GA0/GA03GA/U/N/9:7
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
2,063 thou. CZK
Public financial support
1,585 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK