Creation of resources for wheat genomics and map-based cloning of resistance genes from chromosome 7D
Project goals
Positional cloning in a huge allopolyploid genome of bread wheat was considered infeasible, mainly due to presence of three homoeologous genomes and large amounts of repetitive sequences. One of strategies enabling to reach this target is based on the use of genomic resources derived from parts of the hexaploid genome. Here we propose construction of two subgenomic BAC libraries specific for short and long arm of chromosome 7D. They will be invaluable resource for creation of physical maps of chromosome7D and map-based cloning of several agronomically important genes from chromosome 7D of wheat, including genes conferring resistance to green bug, powdery mildew, stem rust, leaf rust, stripe rust, Septoria tritici blotch and Russian wheat aphid. The project will focus on positional cloning of gene Dnx for resistance to Russian wheat aphid (RWA) by creating high-density genetic map for the Dnx region and BAC contig spanning this region. Further, a pooled genomic BAC library will be
Keywords
Triticum aestivumBACchromosome-specific librariespositional cloningDnx
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
521/07/1573
Alternative language
Project name in Czech
Příprava materiálů pro genomiku pšenice a poziční klonování genů pro rezistence na chromozómu 7D
Annotation in Czech
Poziční klonování v obrovském allopolyploidním genomu pšenice seté bylo donedávna považováno za nemožné kvůli přítomnosti tří homeologních genomů a značnému množství repetitivních sekvencí. Jedna ze strategií vedoucích k dosažení tohoto cíle je založenana využití genomických materiálů vytvořených pouze z menších částí genomu. Navrhujeme připravit dvě subgenomové knihovny klonované ve vektoru BAC, specifické pro krátké a dlouhé rameno chromozómu 7D pšenice. Tyto knihovny budou neocenitelným zdrojem přitvorbě fyzických map chromozómu 7D a pozičním klonování několika agronomicky významných genů z tohoto chromozómu, mimo jiné genů pro rezistence ke škůdcům Schizaphis graminum a Diuraphis noxia a patogenům Blumeria graminis, Puccinia triticina, P. striiformis, P. graminis f. sp. tritici nebo Mycosphaerella graminicola. Projekt bude zaměřen na poziční klonování genu Dnx pro rezistenci k mšici D. noxia. Součástí bude vytvoření husté genetické mapy pro oblast genu Dnx a sestavení kontigu BAC klonů
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GE - Plant cultivation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 22, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
3,949 thou. CZK
Public financial support
3,949 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
3 949 CZK thou.
Public support
3 949 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
GE - Plant cultivation
Solution period
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009