Analysis of molecular structure of the short arm of wheat chromosome 1B (Triticum aestivum)
Project goals
Analysis of the complex genome of common wheat is hampered by its enormous size and allohexaploid nature. Its fractionation into structural and functional parts, chromosomes, may simplify its mapping and analysis. BAC (Bacterial Artificial Chromosome) DNA library specific for short arm of chromosome 1B (1BS) has been constructed. This library will be used as a source of clones for detailed analysis of molecular structure of gene-rich regions on 1BS. The main goal of the project is the construction of ahigh-density cytogenetic map for 1BS and generation of chromosome-specific markers - CSTs (Chromosome Sequence Tags). The obtained data will be used for comparative studies group 1 chromosomes in other cereals.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 5 (SGA02005GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
521/05/P257
Alternative language
Project name in Czech
Analýza molekulární struktury krátkého ramene chromozómu 1B pšenice (Triticum aestivum)
Annotation in Czech
Značná velikost genomu hexaploidní pšenice a jeho allopolyploidní povaha ztěžují jeho detailní analýzu. Rozdělení genomu na jednotlivé chromozómy a jejich klonování v knihovnách dlouhých inzertů DNA otevřelo možnost studovat definované části tohoto genomu. Knihovna DNA specifická pro krátké rameno chromozómu 1B hexaploidní pšenice (1BS), klonované ve vektoru BAC (bakteriální umělý chromozóm) bude využita pro analýzu molekulární struktury genově bohatých oblastí nacházejících se na 1BS. V průběhu řešeníbude vytvořena cytogenetická mapa o vysoké hustotě s využitím nově odvozených chromozómově specifických CST (Chromosome Sequence Tag) markerů. Získané výsledky budou využity také pro studium homologních oblastí chromozómů skupiny 1 u jiných druhů
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GE - Plant cultivation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EF - Botany
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The methods suitable for characterization and mapping of wheat short arm of chromosome 1B were developed during the project execution. Chromosome-arm-specific 1BS BAC library was used for all types of analyses. A set of cytogenetic markers was derived ba
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GP-U/03:2
Data delivery date
Oct 17, 2008
Finance
Total approved costs
796 thou. CZK
Public financial support
796 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
796 CZK thou.
Public support
796 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
GE - Plant cultivation
Solution period
01. 01. 2005 - 31. 12. 2007