Comparative immunogenomics of the family Equidae
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 12 (SGA02009GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
523-09-1972
Alternative language
Project name in Czech
Komparativní imunogenomika čeledi Equidae
Annotation in Czech
Cílem projektu je srovnávací analýza imunogenomu čeledi Equidae v kontextu interakcí hostitele a patogena. Na základě určení sekvenční alelické diversity genů MHC DRB a DQB a dvou rodin genů kódujících receptory NK buněk KIR/Ly49 bude provedena evolučníanalýza u různých druhů zeber, velkých oslů a domácích oslů z Itálie a Keni, dále bude zkoumán vliv balancované selekce na specifická aminokyselinová místa. Polymorfismus genů imunitní odpovědi, které jsou nejméně u dvou plemen koní asociovány s resistencí k virové (virus západonilské horečky), bakteriální (Rhodococcus equi) a protozoární (Trypanosoma evansi) infekci bude analyzován za využití koňských primerů u různých příslušníků čeledi Equidae. PCR produkty budou klonovány, sekvenovány a budou v nichidentifikovány jednonukleotidové polymorfismy (SNP). Data budou využita pro určení stupně genetické diversity různých populací a pro určení evolučních vztahů mezi druhy. Evoluce chromosomů se zvláštním zřetelem na mikropřestavby při speciaci bude zkoumána za využití metod molekulární cytogenetiky.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding
CEP - secondary branch
GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40203 - Husbandry<br>40301 - Veterinary science
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Detailed mapping of the immunogenome of the family Equidae, as well as genome wide comparative maps of some subchromosomal rearangements. Association between polymorphic markers of selected immune genes and some protozoan parasites. Diagnostic assays forthese parasites were also developed. Altogether 5 papers have been published in journals with an average impact within the particular branch.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2009
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Data delivery date
May 17, 2016
Finance
Total approved costs
6,886 thou. CZK
Public financial support
6,886 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK