Detailed mapping of QTLs in the pig by means of microsatellites and through comparative positional candidate gene approach
Project goals
The aim of the project is to contribute to international endeavour directed to detailed mapping of QTLs controlling carcass and meat quality traits by means of microsatellites and through comparative positional candidate approach. We will focus our endeavour to: i) Microsatellite typing in three three-generation F2 pedigrees prepared at Hohenheim (Wild Boar x Piétrain, Meishan x Piétrain, Wild Boar x Meishan) for more detailed localization of QTLs. ii) Cytogenetic mapping of expressed sequence tags (ESTs) isolated from muscle cDNA library and cytogenetic and linkage mapping of Type I genes to contribute to saturation of the integrated map of porcine genome. iii) Selection of candidate genes for QTLs affecting carcass and meat quality traits for chromosome region(s) to which significant QTL had already been mapped (search within homologous chromosome regions in human and mouse genome databases), detection of allelic variants of the genes, their scoring in three three-generation Hohenheim F2
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Detailní mapování QTL u prasat pomocí mikrosatelitů a kandidátních genů vybraných na základě komparativních map
Annotation in Czech
Účelem projektu je přispět k mezinárodnímu úsilí, zaměřenému na detailní mapování QTL, podmiňující kvalitu masa a jatečného těla u prasat pomocí mikrosatelitů a kandidátních genů, vybraných na základě komparativních map. Úsilí bude hlavně směrováno na: 1) typování mikrosatelitů v hohenheimských rodinách za účelem detailnější lokalizace některých QTL; 2) cytogenetické mapování EST ("expressed sequence tags") izolovaných ze svalové cDNA knihovny, cytogenetické a vazbové mapování genů Typu I za účelem saturace integrované mapy prasečího genomu; 3) výběr kandidátních genů, ovlivňujících kvalitu jatečného těla a masa v chromozómových oblastech, ve kterých byla prokázána existence jednoho nebo více QTL (hledání na homologních chromosomových úsecích v lidskéa myší genomové databázi), detekci alelických variant vybraných genů, jejich typování ve třech třígeneračních hohenheimských rodinách (divoké prase x piétrain, meishan x piétrain, divoké prase x meishan) a výpočet genových efektů.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40203 - Husbandry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Při řešení projektu byly získány následující výsledky. Byl lokalizován QTL pro množství tuku na chromozomu X. Řešitel spolupracoval na lokalizaci QTL pro růst a množství tuku na chromozomu 4. Řešitelský kolektiv lokalizoval cytogenetickými metodami geny
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1999
Realization period - end
Jan 1, 2001
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Data delivery date
Apr 1, 2003
Finance
Total approved costs
4,039 thou. CZK
Public financial support
3,377 thou. CZK
Other public sources
1,718 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 039 CZK thou.
Public support
3 377 CZK thou.
83%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding
Solution period
01. 01. 1999 - 01. 01. 2001