Analysis and Visualization of Protein Structures
Project goals
In the project, new analytic methods for biochemical research of proteins will be developed and tested. The geometrical properties of dynamic protein models will be explored to find and asses the channels connecting an active site inside protein with itssurface. The properties, such as surface, volume and length will be statistically evaluated for large sets of protein snapshots obtained from simulation of its dynamics. The results will be visualized in such a way that would provide new information tobiochemists. The methods will also focus on an interaction of small molecules (ligants) passing through a prospective channel, both in time and space, and on a proposal how to modify the protein to increase the quality of the channel. The methods willbe included in a software tool CAVER (developed at Masaryk University), which is currently being used by biochemists all around the world. This project is a follow-up of current project Visualization of protein structures (y.2007-2009).
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P202-10-1435
Alternative language
Project name in Czech
Analýza a vizualizace proteinových struktur
Annotation in Czech
V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro biochemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu sjeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod., budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Úkolem další metody bude navrhnout, jak modifikovat protein, aby došlo ke zkvalitnění tunelu. Metody budou začleněny do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
—
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
SW system CAVER was improved within the project. New methods for channel detection in proteins were developed. The project resulted in improved system CAVER, 9 conference papers, and 5 impacted journal papers.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Data delivery date
May 17, 2016
Finance
Total approved costs
4,010 thou. CZK
Public financial support
4,010 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 010 CZK thou.
Public support
4 010 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
IN - Informatics
Solution period
01. 01. 2010 - 31. 12. 2012