Thermodynamics of DNA damaged by physical and chemical agents
Project goals
This application proposes to address the need for understanding molecular mechanisms underlying biological effects of the genotoxic agents from the viewpoint of prevention of their harmful effects or their curative action. In particular we will test the hypothesis that ‘thermodymamic destabilization of DNA due to its damage by several physical and chemical agents is a crucial factor controlling recognition and repair of damaged DNA’. We will employ systems in the studies within this project in which it is possible to vary the character of the DNA distortion along with the associated changes in its energetics and to measure how these changes affect binding affinity of damaged-DNA binding-proteins or susceptibility of these specific DNA distortions to various DNA repair systems. The long-term goal of our research is to enhance our knowledge of the molecular and macromolecular level effects of physical and chemical agents and to use it in the process of prevention of undesirable effects of environmental physical and chemical agents and designing new chemotherapeutics.
Keywords
DNADNArecognitionDNAstructuresDNAdamagecalorimetrythermodynamics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P205-11-0856
Alternative language
Project name in Czech
Termodynamická analýza DNA poškozené fyzikálními a chemickými agens
Annotation in Czech
Záměrem předloženého projektu je přispět k pochopení molekulárního mechanismu biologického působení genotoxických agens z pohledu prevence jejich škodlivých účinků nebo naopak posílení jejich léčebných účinků. Především máme v úmyslu testovat hypotézu, že termodynamická destabilizace DNA v důsledku jejího poškození různými fyzikálními a chemickými činidly je klíčovým faktorem při rozpoznávání a opravě poškozené DNA. Budeme využívat modelové systémy ve kterých je možné měnit charakter distorze DNA spolu se souvisejícími termodynamickými parametry a budeme zkoumat, jakým způsobem tyto změny ovlivňují vazebnou afinitu proteinů rozpoznávajících poškozenou DNA nebo citlivost těchto specifických distorzí DNA vůči různým opravným systémům DNA. Dlouhodobým cílem našeho výzkumu je zlepšit naše znalosti o působení fyzikálních a chemických činidel poškozujících DNA na molekulární úrovni a využít tyto poznatky při prevenci nežádoucích účinků genotoxických látek a také při návrhu nových chemoterapeutik.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
It was shown that thermodynamic destabilization of DNA due to its damage by physical and chemical agents is a crucial factor for recognition and repair of damaged DNA, and that the binding to unusual structures and abasic sites of DNA may play an important role in the mechanism of antitumor and antimicrobial activity of some metallohelices. 12 papers were published in impacted journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
5,719 thou. CZK
Public financial support
5,719 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 719 CZK thou.
Public support
5 719 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
BO - Biophysics
Solution period
01. 01. 2011 - 31. 12. 2015