Structure-functional Relationships of Haloalkane Dehalogenases
Project goals
Haloalkane dehalogenases (EC 3.8.1.5) are microbial enzymes with catalytic activity for hydrolytic conversion of xenobiotic and toxic halogenated aliphatic compounds to corresponding alcohols. Until now, only four tertiary structures of these enzymes have been solved by X-ray analysis. Structures of several novel enzymes crystallized by us will be solved and deposited to Protein Data Bank within the framework of this project. Additionally, recently cloned and biochemically characterized enzymes will be crystallized and structuraly characterized. Although the molecular structure of three haloalkane dehalogenases is known, some details of the reaction mechanism are not understood yet. Therefore, neutron diffraction will be used in parallel to X-ray diffraction to describe the role of hydrogens in water and protonated residues in the active site and access tunnels connecting the active site cavity. Structural data will be linked to the functional biochemical data leading to better understanding of structure-function relationships of haloalkane dehalogenases and related a/b-hydrolases.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakultaContest type
VS - Public tender
Contract ID
P207-12-0775
Alternative language
Project name in Czech
Strukturně-funkční vztahy haloalkan dehalogenas
Annotation in Czech
Halogenalkan dehalogenasy (EC 3.8.1.5) jsou mikrobiální enzymy vykazující katalytickou aktivitu pro hydrolytickou konverzi xenobiotik a toxických halogenovaných alifatických sloučenin na příslušné alkoholy. Do dnešní doby byly vyřešeny pouze čtyři terciární struktury těchto enzymů pomocí X-ray difrakční analýzy. V rámci předkládaného projektu budou struktury několika nových námi úspěšně vykrystalizovaných enzymů vyřešeny a deponovány v Proteinové databázi. Dále budou krystalizovány a strukturně charakterizovány nově klonované a biochemicky charakterizované enzymy. I když je molekulární struktura publikovaných enzymů známá, některé důležité detaily v reakčním mechanizmu nejsou doposud objasněny. Proto paralelně k X-ray difrakci bude použita metoda neutronové difrakce s cílem popsat úlohu vodíků z vody a protonovaných aminokyselinových zbytků v aktivním místě a přístupnost tunelů v okolí aktivního místa. Strukturní data budou provázána s biochemickými a povedou k detailnějšímu objasnění strukturně-funkčních vztahů halogenalkan dehalogenas a enzymů ze super-rodiny alfa/beta-hydrolas.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
New types of dehalogenases, capable of reducing halogens in organic compounds, were identified and studied. The description by the PI is appropriate. The results are important for basic research as well as potential application in the detoxication of organic compounds in the environment. Twenty articles in impacted journals correspond to the size of the team and multidisciplinarity of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 21, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
12,225 thou. CZK
Public financial support
12,225 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
12 225 CZK thou.
Public support
12 225 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CD - Macromolecular chemistry
Solution period
01. 01. 2012 - 31. 12. 2016