Theoretical and spectroscopic studies of nucleic acid self-assemblies
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P208-10-0559
Alternative language
Project name in Czech
Teoretické a spektroskopické studie agregátů nukleových kyselin
Annotation in Czech
Agregáty nukleových kyselin jsou zajímavé nejen pro jejich unikátní strukturu, ale zejména pro jejich potenciální aplikace v průmyslu a medicíně. V projektu navrhujeme rozšíření experimentálních a teoretických metod, které dovolí klasifikovat různé typy agregátů. Zkoumané struktury DNA složené z více látek zahrnují čtyř-vláknovou informační DNA a G-kvadruplexy. Výsledky poslouží k dalšímu studiu a porozumění kompaktačnímu procesu, který nastává při ukládání genetické informace v buněčných jádrech. Mezi užité spektroskopické techniky bude patřit zejména elektronický cirkulární dichroismus (ECD), infračervená spektroskopie (IČ), vibrační cirkulární dichroismus (VCD), Ramanův rozptyl, a Ramanova optická aktivita (ROA). Měření budou interpretována za pomocí molekulově dynamických simulací vlastností nukleových kyselin. Standardní teorie spřažených oscilátorů bude zobecněna a kombinována s kvantovými výpočty. Multi-úrovňové modelování tak poskytne věrnější simulace spekter. Dynamika, struktura a vliv prostředí (rozpouštědlo, ionty) budou moci být ověřeny za pomoci spektroskopických dat.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Project devoted to the study of the structure, stability and dynamics of biomolecules and their complexes using a combination of experimental spectroscopic and theoretical approaches was completed according to the proposed plan. It provided numerous interesting results published in 7 papers in peer-reviewed impacted journals and one book chapter.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GA-U/04:1
Data delivery date
May 5, 2020
Finance
Total approved costs
2,437 thou. CZK
Public financial support
2,437 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK