The role of RNA chaperone Hfq and small RNAs in physiological fitness and virulence of Bordetella pertussis
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P302-11-1940
Alternative language
Project name in Czech
Role RNA chaperonu Hfq a regulačních sRNA ve fyziologii a virulenci Bordetella pertussis
Annotation in Czech
Malé regulační RNA (sRNA) se díky své komplementaritě váží k cílové mRNA a ovlivňují účinnost její translace. Hfq, bakteriální RNA chaperon, je díky svým RNA-vazebným vlastnostem důležitým prostředníkem těchto RNA-RNA interakcí a hraje také důležitou úlohu ve virulenci patogenních bakterií. Cílem tohoto projektu je zjistit jakou roli hraje Hfq protein a sRNA ve virulenci gram-negativní patogenní baktérie Bordetella pertussis, původce černého kašle. Funkci Hfq v tomto mikroorganizmu budeme sledovat porovnáním genové exprese ve wt a hfq mutantu pomocí microarray a proteomové analýzy. Tyto experimenty nám umožní identifikovat geny, jejichž exprese je regulována Hfq. Dalším cílem bude identifikace sRNA v kmenech B. pertussis kombinací různých přístupů a metod včetně bioinformatiky, RNomiky a microarray analýzy. Získané informace budou vyhodnoceny s cílem získat ucelenou představu o identifikovaných sRNA, jim iregulovaných mRNA a také o roli, kterou pro jejich interakci hraje Hfq protein.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EC - Immunology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30102 - Immunology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Unique results focused on the analysis of post-translational regulation of gene expression in the human pathogen Bordetella pertussis have been obtained. It has been shown that RNA chaperon Hfq is a significant virulence factor of B. pertussis. Small regulatory RNAs have been identified. Three papers published in high quality impacted journals are the outcome of the 5 year project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
11,940 thou. CZK
Public financial support
11,940 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK