Development of CpG methylation of HIV-1 promoter and its stabilizing effect on the latent provirus reservoir: longitudinal study in patients
Project goals
Existence of latent HIV-1 reservoir makes the eradication of HIV-1 infection unreal. DNA methylation of retroviral 5' long terminal repeat (LTR) is one of the mechanisms of latency maintenance. In our previous work we have shown that CpG methylation of the 5' LTR tightly controls resistance of latent HIV-1 to reactivation and thus determines the stability of the HIV-1 latency (Blazkova et al., 2009). However, even dense methylation of the 5' LTR did not confer complete resistance to reactivation with some histone deacetylase inhibitors and cellular activators. In our clinical longitudinal study we will analyze the HIV-1 CpG methylation dynamics directly in the latent reservoir of infected patients and we will analyze the reservoir reactivation ex vivo. The specific aims of our project are to characterize the development of CpG methylation of HIV-1 promoter in the latent reservoir during antiviral therapy, and to characterize the effects of CpG methylation on stability of the reservoir against reactivation signals. Our clinical study explores the possible HIV-1 therapeutic strategy.
Keywords
HIV-1reservoirpatientslongitudinalprospectivestudyprovirallatencyproviralreactivationCpGmethylationchromatinstructure
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P304-12-1736
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj methylace CpG promotoru HIV-1 a její vliv na stabilizaci latentního rezervoáru proviru: longitudinální studie u pacientů
Annotation in Czech
Latence proviru HIV-1 v rezervoáru znemožňuje eliminaci HIV-1 infekce u pacientů pomocí antivirové léčby. Methylace DNA oblastí retrovirového promotoru a enhanceru, umístěných v repetici na 5' konci (5' LTR), je jedním z mechanizmů zajišťujících udržení latence u pacientů. V předchozí práci jsme prokázali, že methylace CpG v 5' LTR HIV-1 zvyšuje rezistenci latentního HIV-1 vůči reaktivaci a tak určuje stabilitu latence viru HIV-1 (Blazkova et al., 2009). Nicméně ani hustá methylace 5' LTR HIV-1 nepotlačuje úplně reaktivaci HIV-1 při použití některých inhibitorů histon deacetyláz a buněčných aktivátorů. V klinické longitudinální studii se chceme zabývat dynamikou methylace CpG HIV-1 přímo v latentním rezervoáru pacientů a chceme určit schopnost reaktivace tohoto rezervoáru ex vivo. Konkrétní cíle naší práce jsou charakterizace vývoje methylace CpG HIV-1 v latentním rezervoáru pacientů během antiretrovirové léčby a charakterizace vlivu methylace CpG na stabilitu tohoto rezervoáru vůči reaktivaci. Tato klinická studie se zabývá možnými terapeutickými strategiemi eliminace HIV-1.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30302 - Epidemiology
30303 - Infectious Diseases
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project treats actual topic of latent HIV-1 reservoir. The second goal of three main ones has not been solved - there were no appropriate patients in study group. There were no publications after 3 years of the project. Delayed final report included only one publication with IF = 4.54.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Apr 7, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
3,885 thou. CZK
Public financial support
3,885 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
3 885 CZK thou.
Public support
3 885 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
01. 01. 2012 - 07. 04. 2016