All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Fine association mapping of the porcine chromosome 2q region influencing meat quality and study of positional candidate genes

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)

  • Main participants

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    P502-10-1216

Alternative language

  • Project name in Czech

    Podrobné asociační mapování oblasti chromozómu 2q prasete ovlivňující jakost masa a studium pozičních kandidátních genů

  • Annotation in Czech

    Mezi významné užitkové vlastnosti vhodné pro selekci pomocí genů patří u prasat jakost masa. Předcházející celogenomové mapování odhalilo řadu kvantitativních lokusů ovlivňujících kvalitu masa. QTL ovlivňující pH1, pHU, vaznost vody a barvu byl několikaskupinami na různých populacích detekován na chromozómu 2q v oblasti 55 - 77.9 cM. Cílem návrhu projektu je podrobné asociační mapování pomocí četných jednonukleotidových polymorfismů (SNP). V první etapě bude vyvinuto asi 25 rovnoměrně rozložených SNP v genech ve studované oblasti. Genotypování a asociační studie těchto SNP budou provedeny u kohort plemen duroc (n = 700) a bílé ušlechtilé (n = 700) s fenotypovými hodnotami pro pH1, pHU, vaznost vody a barvu masa (Minolta). Na základě této asociační analýzy budou vybrány poziční kandidátní geny, které budou parciálně klonovány pomocí PCR. Komparativním  sekvenováním PCR produktů získaných od prasat plemen duroc, bílé ušlechtilé, meishan a piétrain bude hledán polymorfismus v kódujících a regulačních oblastech (promotor a 3? UTR). Asi 50 SNP v kandidátních genech bude genotypováno na výše zmíněných populacích. Asociační analýzy budou provedeny jak s jednotlivými SNP tak s konstruovanými haplotypy. Vytypované kandidátní geny budou studovány podrobně.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding

  • CEP - secondary branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40203 - Husbandry

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    When solving the project, the detailed association mapping of 2q region of second porcine chromosome was carried out. In this region, QTL for carcass and meat quality are located. Study of candidate genes in crossbred porcine populations with different genetic background showed the relationship between candidate genes and meat quality parameters. Method of association mapping was used.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2010

  • Realization period - end

    Dec 31, 2012

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 1, 2012

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP13-GA0-GA-U/02:3

  • Data delivery date

    May 17, 2016

Finance

  • Total approved costs

    3,889 thou. CZK

  • Public financial support

    3,889 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK