Fine association mapping of the porcine chromosome 2q region influencing meat quality and study of positional candidate genes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P502-10-1216
Alternative language
Project name in Czech
Podrobné asociační mapování oblasti chromozómu 2q prasete ovlivňující jakost masa a studium pozičních kandidátních genů
Annotation in Czech
Mezi významné užitkové vlastnosti vhodné pro selekci pomocí genů patří u prasat jakost masa. Předcházející celogenomové mapování odhalilo řadu kvantitativních lokusů ovlivňujících kvalitu masa. QTL ovlivňující pH1, pHU, vaznost vody a barvu byl několikaskupinami na různých populacích detekován na chromozómu 2q v oblasti 55 - 77.9 cM. Cílem návrhu projektu je podrobné asociační mapování pomocí četných jednonukleotidových polymorfismů (SNP). V první etapě bude vyvinuto asi 25 rovnoměrně rozložených SNP v genech ve studované oblasti. Genotypování a asociační studie těchto SNP budou provedeny u kohort plemen duroc (n = 700) a bílé ušlechtilé (n = 700) s fenotypovými hodnotami pro pH1, pHU, vaznost vody a barvu masa (Minolta). Na základě této asociační analýzy budou vybrány poziční kandidátní geny, které budou parciálně klonovány pomocí PCR. Komparativním sekvenováním PCR produktů získaných od prasat plemen duroc, bílé ušlechtilé, meishan a piétrain bude hledán polymorfismus v kódujících a regulačních oblastech (promotor a 3? UTR). Asi 50 SNP v kandidátních genech bude genotypováno na výše zmíněných populacích. Asociační analýzy budou provedeny jak s jednotlivými SNP tak s konstruovanými haplotypy. Vytypované kandidátní geny budou studovány podrobně.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40203 - Husbandry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
When solving the project, the detailed association mapping of 2q region of second porcine chromosome was carried out. In this region, QTL for carcass and meat quality are located. Study of candidate genes in crossbred porcine populations with different genetic background showed the relationship between candidate genes and meat quality parameters. Method of association mapping was used.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Data delivery date
May 17, 2016
Finance
Total approved costs
3,889 thou. CZK
Public financial support
3,889 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK