Establishment of the secondary plastid in euglenids
Project goals
The project is focused on the secondary plastids of euglenids. We will perform environmental survey in order to reveal a green alga related to the ancestor of the euglenid plastid closer than the so far known Pyramimonas parkeae. Using 454 technique we will sequence the transcriptome (cDNA) of this alga or P. parkeae and three species of euglenids - Eutreptiella gymnastica, Phacus caudatus a non-photosynthetic Rhabdomonas sp. Furthermore we will sequence the plastid genome of the alga and photosynthetic euglenids. From the data we will reconstruct plastid proteomes and perform a comparative analysis including the well studied plastid of E. gracilis. We will notice the similarities and differences between genomes and proteomes of plastid established in three lineages of euglenids. We will be interested in the phylogenetic origin of proteins of euglenids, particularly in the contribution of proteins originating from the cyanobacteria (ancestor of the primary plastid) and the green alga (endosymbiot). The contributions will be compared between the euglenid lineages.
Keywords
secondaryendosymbiosisendosymbioticgenetransfereuglenidsplastid
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P506-11-1320
Alternative language
Project name in Czech
Vznik sekundárního plastidu u euglenidů
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na výzkum euglen - vhodnou skupinu pro studium vzniku sekundárního plastidu. Budeme pátrat po zelené řase, která je ještě příbuznější předku euglenidího plastidu než dosud známý druh Pyramimonas parkeae. Metodou 454 osekvenujeme transkriptom (cDNA) této zelené řasy nebo P. parkeae a tří druhů euglen Eutreptiella gymnastica, Phacus caudatus a nefotosyntetické eugleny Rhabdomonas sp. U fotosyntetických druhů euglen a u zelené řasy osekvenujeme také plastidový genom. Ze získaných dat se pokusíme rekonstruovat proteomy plastidů a provedeme srovnávací analýzu plastidových genomů a proteomů (včetně studovaného plastidu E. gracilis). Budeme si všímat, jak podobné či odlišné jsou plastidy, které se etablovaly ve třech liniích euglen. Budeme analyzovat také fylogenetický původ proteinů v plastidu i cytosolu u jednotlivých euglen a zajímat nás bude především příspěvek genů pocházejících ze sinice (předka primárního plastidu) a zelené řasy (endosymbionta). Srovnáme příspěvky endosymbiózy do proteomu různých linií euglenidů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aims were accomplished and several hypotheses about the evolutionary history of eukaryotic microorganisms could be tested. A total of 4 good-quality papers have been published in journals with reasonable impact factor. The project also made it possible to accumulate numerous genomic data. Students actively participated in the project. Money were used economically.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
7,892 thou. CZK
Public financial support
7,892 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 892 CZK thou.
Public support
7 892 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2011 - 31. 12. 2015