Will orchids reshape our understanding of genome-wide processes? Solving the enigma of progressively partial endoreduplication
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Fakulta zemědělská a technologická<br>Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta<br>Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P506-12-1320
Alternative language
Project name in Czech
Změní orchideje náš pohled na celogenomové procesy? Komplexní studium hyporeduplikace
Annotation in Czech
Cílem projektu je detailní studium hyporeduplikace jaderného genomu, která představuje unikátní jev vyskytující se u některých zástupců čeledi Orchidaceae. Narozdíl od polyploidizace a celkové endoreduplikace, žádné bližší informace o hyporeduplikaci nejsou dosud k dispozici. S využitím spektra moderních molekulárně-cytogenetických metod (průtokové cytometrie a třídění částic, masivního paralelního sekvenování a fluorescenční in situ hybridizace) budeme sledovat výskyt hyporeduplikace v celé čeledi vstavačovitých a hledat souvislosti s vlastnostmi studovaných druhů a jejich fylogenetickou pozicí. U modelového taxonu (Ludisia discolor, která se vyznačuje malým genomem a cca 50% hyporeduplikací) stanovíme sekvenční rozdíly mezi typickými (2C) a hyporeduplikovanými jádry. Repetitivní sekvence s výrazně odlišnou četností budou lokalizovány v genomu, a to jak u modelového tak u dalších příbuzných druhů (s cílem zjistit mezidruhové podobnosti a rozdíly). Celkově projekt přispěje k pochopení evolučních procesů probíhajících v eukaryotických genomech.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EF - Botany
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project yielded a large dataset on genome size variation across Orchidaceae and provided important results about the phylogenetic distribution of progressively partial endoreduplication in these plants, including new insights into the underlying processes. The outcomes include methodological advances. Three papers were published and despite some delay, more are on the way.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
14,221 thou. CZK
Public financial support
14,221 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK