GC content and genome evolution of grasses

Provider

Czech Science Foundation

Programme

Post-graduate (doctorate) grants

Call for proposals

Postdoktorandské granty 8 (SGA02008GA1PD)

Main participants

—

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

206/08/P222

Project name in Czech

Evoluce GC obsahu a genomu trav

Annotation in Czech

Záměrem tohoto projektu je mapovat změny v obsahu GC bazí (guaninu a cytosinu) související s fylogenezí druhů a globální evolucí genomu. Studium bude zaměřeno na modelovou čeleď Poaceae, vyznačující se nejvyšším a nejvariabilnějším GC obsahem v rámci vyšších rostlin, a bude postihovat všechny systematické úrovně, od rozdílů mezi čeleděmi, rody, druhy, až po vnitrodruhovou variabilitu. Dílčí studie jsou zaměřeny na: (i) sledování původu a následné evoluce vysokého GC obsahu genomu a genů trav v rámci jednoděložných, (ii) sledování rozdílů v GC obsahu a velikosti chromozomů mezi hlavními evolučními liniemi trav, (iii) testování evolučního významu vysokého obsahu GC a následně vyšší termostability DNA pro rostliny z extrémních klimatických podmínek, (iv)prověření souvislosti změn obsahu GC s evolucí genomu v důsledku expanze a redukce mobilních elementů (na mezidruhové úrovni v rodě Oryza, na vnitrodruhové u Festuca pallens), a (v) na ověření možného využití měření obsahu GC a velikosti genomu pro

R&D category

ZV - Basic research

CEP classification - main branch

EF - Botany

CEP - secondary branch

—

CEP - another secondary branch

—

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

The outputs of the recent project provide genome size and GC content data for about 770 species (72 of&nbsp;81 monocot families; 350 Poaceae incl. 90 samples of Oryza). This dataset is the largest and most phylogenetically robust survey done in monocotsto date and enables relevant testing of numerous hypotheses on plant genome evolution. Old evolutionary increases of GC content are markedly asso

Realization period - beginning

Jan 1, 2008

Realization period - end

Dec 31, 2010

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Apr 16, 2010

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP11-GA0-GP-U/04:3

Data delivery date

Mar 20, 2015

Total approved costs

2,184 thou. CZK

Public financial support

2,184 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK