Pospiviroid pathogenesis as ?regulatory disorder? mediated by viroid-specific small RNAs.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
International projects
Call for proposals
Mezinárodní projekty 4 (SGA02010GA1GC)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P501/10/J018
Alternative language
Project name in Czech
Pospiviroidní patogeneze jako regulační porucha zprostředkovaná malými viroid-specifickými RNA.
Annotation in Czech
V projektu budeme analyzovat mechanismy patogeneze dvou viroidů (malých infekčních, jednořetězcových, cirkulárních, nekódujících a autonomě se replikukjících molekul RNA) z čeledi Pospiviroidae: viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (PSTVd)-choroby řady plodin, druhů zeleniny i okrasných rostlin a expanzivního viroidu zakrslosti chmele (HSVd), nebezpečného zejména pro pěstování chmele v Evropě. Na základě našeho předešlého studia chceme dále ověřit hypotézu, že viroidní patogeneze zahrnuje tvorbu malýchviroid-specifických (vs) RNA, jejichž interakce vedou k poruchám regulace tzv. mikro RNA a transkripčních regulačních faktorů (TF) hostitele. Pro analýzu těchto mechanismů provedeme 1. tzv. ?hluboké? sekvenvání malých molekul RNA; 2. predickci cílovýchmolekul pro vsRNA in silico zejména díky srovnání s výsledky dostupného celogenomového sekvenování genotypu rajčete citlivého k PSTVd; 3. ověření molekulárních cílů vsRNA kvantitativními metodami anlýzy exprese RNA, TF, promotorové aktivity a technologií viry indukované suprese genů (VIGS) u druhu N. benthamiana, rajčete a chmelu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30105 - Physiology (including cytology)<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Final report is carefully written and contains all required information. The project was executed at high level and lead to novel results on pathogenic effects of viroids and a multitargeting model of pathogenesis was confirmed that leads to aberrant function of regulatory networks. The results were published in 3 scientific journals with impact factor and on several scientific conferences.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 30, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GC-U/01:2
Data delivery date
Jan 27, 2014
Finance
Total approved costs
3,116 thou. CZK
Public financial support
3,116 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK