Characterization of dynamical regions in RNA polymerase from Bacillus subtilis
Project goals
RNA polymerase is responsible for one of the key cellular mechanisms. It transcribes the genetic information stored in DNA into RNA. This project focuses on a characterization of dynamical parts of the RNA polymerase that are specific for Gram positive bacteria (including serious pathogens) and exhibit motions potentially important for the biological function. Dynamics of two components of RNA polymerase holoenzyme of a model Gram positive bacterium Bacillus subtilis has been studied so far, showing that they exhibit structural rearrangement that could be important for the function of RNA polymerase, but a detailed study is missing. This project will describe the conformational exchange of these parts using advanced methods of nuclear magnetic resonance (NMR). The project also contributes to the effort to describe the properties and molecular principles of function of the highly flexible intrinsically disordered C-terminal domain of delta subunit of the RNA polymerase and to understand its role within the whole RNA polymerase by a detailed analysis of its fast dynamics.
Keywords
Nuclear magnetic resonancedynamicsRNA polymeraseBacillus subtilis
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 4 (SGA0201800002)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-04197Y
Alternative language
Project name in Czech
Charakterizace flexibilních oblastí RNA polymerázy Bacillus subtilis
Annotation in Czech
RNA polymeráza je enzym zodpovědný za přepis genetické informace z DNA do RNA což je jeden z klíčových buněčných procesů. Tento projekt se zaměřuje na studium částí RNA polymerázy, které jsou specifické pro Gram pozitivní kmeny bakterií (které zahrnují i některé významné patogeny) a zároveň jsou tyto části charakterizovány zvýšenou pohyblivostí umožňující strukturní změny potenciálně důležité pro funkčnost enzymu. Dosud publikované výsledky pro modelový organizmus Gram pozitivních bakterií (Bacillus subtilis) naznačují potenciální důležitost interních pohybů strukturovaných částí dvou podjednotek RNA polymerázy, nicméně detailní popis těchto procesů stále není znám. Proto hodláme tyto pohyby podrobit důkladné analýze s využitím pokročilých metod nukleární magnetické rezonance (NMR). Prezentovaný projekt navíc přispěje k úsilí popisu vlastností zvláště dynamické strukturně neuspořádané C-koncové domény delta podjednotky RNA polymerázy včetně pochopení její funkce na molekulární úrovni a porozumění její role v rámci celého enzymatického komplexu.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GJ-R
Data delivery date
Feb 21, 2022
Finance
Total approved costs
4,670 thou. CZK
Public financial support
4,670 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 670 CZK thou.
Public support
4 670 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Biochemistry and molecular biology
Solution period
01. 01. 2018 - 31. 12. 2022