Seed-agnostic miRNA binding site classification
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 5 (SGA0201900002)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-10976Y
Alternative language
Project name in Czech
Klasifikace miRNA vazebných míst nezávisle na „seed” oblasti
Annotation in Czech
Argonaut proteiny (Ago) využívají miRNA jako naváděcí sekvence pro vazbu specifických RNA, aby mohly regulovat jejich hladinu a překlad. Nové sekvenační metody (CLIP-Seq) umožňují identifikaci vazebných miRNA míst na úrovni celého transkriptomu, ale nemohou přesně určit odpovídající miRNA. Pro tento účel jsou běžně používány heuristiky založené na kanonických „seed” sekvencích. Objev chimérických čtení (miRNA-cíl hybridy) ukazuje asi 60% nekanonických spojení. Navrhujeme vytvoření knihoven s hlubokým pokrytím obohacených o chiméry pomocí techniky CLASH pro dva Ago proteiny (Ago1 a Ago2). Použijeme modifikovanou metodu pro identifikaci chimérických čtení, abychom vytvořili vysoce kvalitní tréninkový datový soubor párů miRNA-cíl. Ke klasifikaci vazebných míst a odpovídajícím miRNA natrénujeme Deep Learning model, který bude nezávislý na kanonických „seedech”. Na závěr prozkoumáme podobnosti a rozdíly mezi vazbami miRNA, které jsou spojeny s proteiny Ago1 a Ago2, stejně tak jako univerzální vlastnosti miRNA vazeb.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
Apr 30, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GJ-R
Data delivery date
Feb 21, 2022
Finance
Total approved costs
8,750 thou. CZK
Public financial support
8,750 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK