Reliable calculations and predictions of NMR chemical shifts for the structural characterization of phosphorylated intrinsically disordered proteins
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 5 (SGA0201900002)
Main participants
Univerzita Karlova / Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-14886Y
Alternative language
Project name in Czech
Spolehlivé výpočty a predikce NMR chemických posunů pro strukturní charakterizaci fosforylovaných vnitřně neuspořádaných proteinů
Annotation in Czech
Hlavním cílem předkládaného projektu je navrhnout, vyvinout a implementovat soubor přístupů pro spolehlivé výpočty NMR (nukleární magnetická rezonance) chemických posunů ve fosforylovaných vnitřně neuspořádaných proteinech (IDP). Tyto proteiny se např. účastní molekulárních mechanismů vzniku neurodegenerativních chorob, jako je Parkinsonova a Alzheimerova choroba. Vysoká flexibilita zmíněných proteinů je velkou překážkou ve studiích jejich struktury pomocí experimentálních technik a výpočetní nástroje proto hrají zásadní roli. V projektu se zaměříme na tuto mezeru v současném stavu vědy a vyvážíme nedostatek experimentálních dat provedením pokročilých kvantově-mechanických výpočtů 1H, 13C, 15N a 31P chemických posunů s využitím kombinace molekulové dynamiky a kvantově-chemických metod. Dále navrhneme efektivní softwarový nástroj pro rychlou předpověď NMR chemických posunů ve fosforylovaných vnitřně neuspořádaných proteinech. Navrhovaný projekt tak umožní strukturní charakterizaci těchto proteinů a přispěje k porozumění neurodegenerativních procesů a genové exprese.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
May 27, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GJ-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
5,250 thou. CZK
Public financial support
5,250 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK