Molecular Dynamics Simulations of Modified Nucleic Acids - Potential Chemoterapeutics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Molekulárně-dynamické simulace modifikovaných nukleových kyselin - potenciálních chemoterapeutik
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na studium vlivu chemické modifikace na strukturní a hybridizační vlastnosti syntetických analog nukleových kyselin. Hlavní pozornost bude věnována nalezení optimální modifikace vedoucí ke stabilizaci dvojšroubovicovitých atrojšroubovicovitých struktur prostřednictvím intervláknové interakce. Tento postdoktorandský projekt je přidružen k nosnému projektu v jehož rámci jsou připravována enzymaticky stabilní fosfonátová analoga nukleových kyselin. Nukleové kyseliny sezvýšenými schopnostmi hybridizace a stability vůči nukleázám jsou zajímavé z hlediska jejich využití jako potenciálních chemoterapeutik fungujících prostřednictvím "antisense" mechanismu (modifikované vlákno nukleové kyseliny se váže ke specifickésekvenci nukleotidů v mRNAa inhibuje tak tvorbu nějakého specifického proteinu). Metoda řešení bude založena na molekulárně-dynamických simulacích, které dovolují simulace při nenulové teplotě (typicky 300 K) s atomární reprezentací roztoku a iontů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BG - Nuclear, atomic and molecular physics, accelerators
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
CD - Macromolecular chemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10304 - Nuclear physics<br>10403 - Physical chemistry<br>10404 - Polymer science
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Molecular dynamics simulations answered the question how the positive charges stabilize the duplex and triplex structures consisting of natural or a-anomeric strands. This revealed that amino- / guanidium-alkyl tethers are able to bridge nucleic acids gr
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
1,329 thou. CZK
Public financial support
693 thou. CZK
Other public sources
636 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK