The novel type of oligonucleotides composed of pyrrolidine nucleosides and enzymaticaly stable phosphonate internucleotide bond
Project goals
Novel type of oligonucleotides based on pyrrolidine nucleosides and enzymaticaly no cleavable phosphonate internucleotide bond should be prepared in that project. Physical and biochemical properties of these oligonucleotides will be evaluated. It isnecessary to manage a synthesis of suitable monomers for solid phase synthesis of the modified oligonucleotides. Tartaric acid would be the key starting material for preparation of pyrrolidine nucleosides. It will react with appropriate primary amine togive desired pyrrolidine precursors. These compounds will be converted to pyrrolidine nucleoside analogues by reaction with particular nucleobases and then to the appropriate phosphonate nucleotides. The solid phase synthesis of designed oligonucleotidesshouldbe accomplished via modified triester method. Physical and biochemical properties of prepared oligonucleotides will be evaluated. Mainly thermodynamic stability of the duplex of prepared modified oligonucleotides with complementary ingenuous
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Nový typ oligonukleotidů složených z pyrrolidinových nukleosidů a enzymaticky stabilní fosfonátové internukleotidové vazby
Annotation in Czech
V rámci projektu budou připraveny nové typy oligonukleotidů složených z pyrrolidinových nukleosidových jednotek a enzymaticky stále fosfonátové internukleotidové vazby (P-C) a budou určeny jejich chemické, fyzikální a biologické vlastnosti. Pro syntézutěchto oligonukleotidů na pevné fázi je třeba zvládnout syntézu vhodných monomerů. Klíčovou surovinou pro přípravu pyrrolidinových nukleosidů bude kyselina vinná, jež reakcí s vhodným primárním aminem poskytne žádaný pyrrolidinový prekurzor. Ten budenáslednou reakcí s nukleobasí transformován přes analog nukleosidu na odpovídající fosfonátový analog nukleotidu. K syntéze oligonukleotidů na pevné fázi bude použito modifikované triesterové metody. Připravené oligonukleotidy budou podrobeny fyzikálníma biochemickým studiím. Bude zjištěna především termodynamická stabilita duplexů získaných oligonukleotidů s přirozeným komplementárním řetězcem a stabilita těchto oligonukleotidů vůči nukleolytickým enzymům. Kromě hlavního cíle, tj. přípravy a ověření
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
A generál stratégy for the synthesis of pyrrolidine analogues of 3'-deoxy and 2',3'-dideoxynuclcosidcs starting from convenient chiral precursors (tartaric and malic acid) was developed. Using a set of phosphonylating agents, pyrrolidine phosphonate nucl
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
2,132 thou. CZK
Public financial support
704 thou. CZK
Other public sources
1,428 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
2 132 CZK thou.
Public support
704 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CC - Organic chemistry
Solution period
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005