Extrachromosomal circular DNA and its impact on the evolution of plant satellite DNA
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 6 (SGA02006GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/06/P360
Alternative language
Project name in Czech
Extrachromozomální cirkulární DNA a její vliv na evoluci satelitní DNA rostlin
Annotation in Czech
Jednu z nejdynamičtějších složek rostlinných genomů představuje satelitní DNA tvořená dlouhými bloky tandemově uspořádaných opakujících se jednotek. Je velmi variabilní v sekvenci a počtu kopií u jednotlivých, i blízce příbuzných, druhů. Molekulární mechanizmy zodpovědné za její amplifikaci a deleci a formy, které mohou vznikat jejich působením, však nejsou dosud známy a vyžadují nová experimentální data. Podle teoretických modelů by důležitým procesem mohla být homologní rekombinace mezi repeticemivedoucí k vyštěpení kruhové satelitní DNA. Cílem navrhovaného projektu je proto studium extrachromozomální kruhové DNA u rostlin zaměřené na detekci a charakterizaci sekvencí homologních k satelitní DNA. Pomocí molekulárních technik bude provedena analýza kruhové satelitní DNA u druhů s vysokým podílem repetitivní DNA a rodinami satelitní DNA amplifikovanými do vysokých počtů kopií. Data získaná těmito experimenty přispějí k pochopení strukturní organizace satelitní DNA a k objasnění dosud
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The aim of this work was to investigate the presence of extrachromosomal circular DNA (eccDNA) derived from plant satellite repeats and systematically analyse its occurence in a wide range of species (representing genera Arabidopsis, Oryza, Pisum, Secale
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GP-U/03:3
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
947 thou. CZK
Public financial support
947 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK