Extrachromosomal circular DNA and its impact on the evolution of plant satellite DNA
Project goals
Satellite DNA formed by long arrays of repetitive tandemly arranged nucleotide sequences makes up one of the most dynamic part of plant genome. It is highly variable in sequence and copy number in individual species, even closely related ones. However, the molecular mechanisms responsible for its amplification and deletion and forms, that can be the result of their action, are not known yet. Thus, new experimental data are required to shed light on these processes. According to the theoretical models homologous recombination between repetitive units leading to formation of circular satellite DNA could play an important role. Therefore, this project focuses on analysis of plant extrachromosomal circular DNA with special impact on detection and characterization of sequences homologous to satellite DNA. The analysis of circular satellite DNA will be performed in species with high proportion of repetitive DNA and highly amplified satellite DNA families using variable molecular techniques. The
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 6 (SGA02006GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/06/P360
Alternative language
Project name in Czech
Extrachromozomální cirkulární DNA a její vliv na evoluci satelitní DNA rostlin
Annotation in Czech
Jednu z nejdynamičtějších složek rostlinných genomů představuje satelitní DNA tvořená dlouhými bloky tandemově uspořádaných opakujících se jednotek. Je velmi variabilní v sekvenci a počtu kopií u jednotlivých, i blízce příbuzných, druhů. Molekulární mechanizmy zodpovědné za její amplifikaci a deleci a formy, které mohou vznikat jejich působením, však nejsou dosud známy a vyžadují nová experimentální data. Podle teoretických modelů by důležitým procesem mohla být homologní rekombinace mezi repeticemivedoucí k vyštěpení kruhové satelitní DNA. Cílem navrhovaného projektu je proto studium extrachromozomální kruhové DNA u rostlin zaměřené na detekci a charakterizaci sekvencí homologních k satelitní DNA. Pomocí molekulárních technik bude provedena analýza kruhové satelitní DNA u druhů s vysokým podílem repetitivní DNA a rodinami satelitní DNA amplifikovanými do vysokých počtů kopií. Data získaná těmito experimenty přispějí k pochopení strukturní organizace satelitní DNA a k objasnění dosud
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The aim of this work was to investigate the presence of extrachromosomal circular DNA (eccDNA) derived from plant satellite repeats and systematically analyse its occurence in a wide range of species (representing genera Arabidopsis, Oryza, Pisum, Secale
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GP-U/03:3
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
947 thou. CZK
Public financial support
947 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
947 CZK thou.
Public support
947 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2006 - 31. 12. 2008