Construction of cytogenetic map of the short arm of rye chromosome 1 (1RS)
Project goals
Rye is commonly used in wheat breeding and improvement as a source of resistance to abiotic stress, diseases and insects. In most cases short arm of rye chromosome 1 (1RS) is transferred into wheat genome. Introgression of 1RS into wheat genome has alsosome negative effects. 1RS was found in more than 300 wheat cultivars. Genes underlying these agronomicaly important traits have not identified, yet. Analysis of rye genome is complicated by its large size (1C ~ 8 000 Mbp). In contrast short arm of rye chromosome 1 (~ 400 Mbp) represents only 5% of rye genome. Aim of this project is construction of cytogenetic map of 1RS and development of Chromosome Sequence Tag (CSTs) markers. Availability of cytogenetic map can accelerate construction of physical mapand isolation of agronomicaly important genes. CSTs provide for study of cereals genomes evolution, detection and identification of deletion of 1RS and screening for short 1RS fragments in wheat genome.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 6 (SGA02006GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
521/06/P412
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce cytogenetické mapy krátkého ramene chromozómu 1 žita (1RS)
Annotation in Czech
Žito seté využívá při šlechtění pšenice jako zdroj rezistence vůči abiotickému stresu, chorobám a škůdcům. Nejčastěji se k přenosu těchto vlastností využivá krátké rameno chromozómu 1 žita (1RS). Vnesení 1RS do genomu pšenice má i některé negativní dopady na kvalitu mouky. Přítomnost 1RS v genomu pšenice byla prokázána u více než 300 odrůd. Geny podmiňující tyto vlastnosti nebyli dosud izolovány. Analýza genomu žita je komplikována jeho značnou velikostí (1C ~ 8 000 Mbp). Oproti tomu 1RS představuje pouze 5% genomu žita (~ 400 Mbp). Cílem tohoto projektu je konstrukce cytogenetické mypy krátkého ramene chromozómu 1R a odvození Chromosome Sequence Tag (CST) markerů pro lokalizované cytogenetické markery. Existence cytogenetické mapy urychlí konstrukcifyzické mapy 1RS a kontigů z BAC klonů. V konečném důsledku urychlí izolaci hospodářsky významných genů. Získané CST markery umožní studium evoluce genomu obilovin, detekci a identifikaci delecí 1RS a vyhledávání krátkých fragmentů 1RS
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GE - Plant cultivation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EF - Botany
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
In the frame of this project new methods and resources for rye genome mapping were developed. The work aimed in study of short arm of rye chrmosome 1 (1RS), which is one of the most important parts of rye genome used also in wheat breeding. We utilized B
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GP-U/03:3
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
1,045 thou. CZK
Public financial support
1,045 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 045 CZK thou.
Public support
1 045 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
GE - Plant cultivation
Solution period
01. 01. 2006 - 31. 12. 2008