Identification of cis-acting signal and trans-acting proteins involved in DNA encapsidation and viral assembly of mouse polyomavirus.
Project goals
The project focuses on the mouse polyomavirus virion assembly process. The aim of this proposal is to identify cis-acting DNA signal sequence for encapsidation of viral genome as well as trans-acting protein/s involved in virion assembly. The experimental system for identification these elements is based on the transduction of reporter gene by way of pseudovirions produced in specially designed cell line. Several experimental methods for verification of requirement of these elements in viral genome encapsidation are proposed. These include site directed mutagenesis of the encapsidation signal sequence, electrophoretic mobility shift assay and chromatin immunoprecipitation (ChIP) procedure for confirmation of trans-acting protein/s binding to the encapsidation sequence. The specific role of trans-acting protein/s in virion assembly will be clarified in the series of experiments in the cell line with regulated level of selected protein/s prepared by RNA interference technology. Moreover, the significance of newly identified elements in a design of the mammalian gene delivery system will be evaluated.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 10 (SGA02010GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P302-10-P118
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace enkapsidačního signálu a proteinů zúčastněných při enkapsidaci DNA v průběhu virové morfogeneze myšího polyomaviru.
Annotation in Czech
Tento projekt je zaměřen na proces tvorby virionů u myšího polomaviru. Cílem předkládaného projektu je identifikovat v rámci virového genomu signální sekvence nutné pro jeho enkapsidaci a protein/y účastnící se vzniku virionu. Experimentální systém pro identifikaci těchto elementů je založen na schopnosti psedovirionů produkovaných ve speciálně navržené buněčné linii transdukovat reportérový gen. V projektu je navrženo několik experimentálních metod pro ověření nezbytnosti takto identifikovaných elementů pro encapsidaci virového genomu. Mezi metody sloužící k potvrzení vazby identifikovaného proteinu na enkapsidační signální sekvenci patří místně specifická mutageneze enkapsidační sekvence, test změny mobility EMSA (electrophoretic mobility shift assay) a chromatinová imunoprecipitace. Konkrétní role identifikovaného protein (nebo proteinů) při vzniku virionu bude osvětlena pomocí série experimentů v buněčné linii s regulovatelnou hladinou tohoto proteinu připravenou pomocí technologie RNA interference. Kromě toho bude vyhodoncena i nezbytnost nově identifikovaných elementů v návrhu systému pro dopravu genů do savčích buněk.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project has shown that in different polyomaviruses exist variablemechanisms for DNA encapsidation. In mouse polyomavirus, contrary to expectations, specific encapsidation signal has not been detected..A new recombination system was developed. for production of mutants Two papers were published in renowned journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 8, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
2,298 thou. CZK
Public financial support
2,298 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
2 298 CZK thou.
Public support
2 298 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
01. 01. 2010 - 08. 12. 2014