Radiation induced damage of DNA - protein complexes
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 1 (SAV0-AB2001)
Main participants
Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Radiačně indukovaná poškození komplexů DNA s proteiny
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na teoretické simulace účinků ionizujícího záření (IZ) na komplexy DNA s proteiny. Dříve vyvinutý model pro simulace účinku OH radikálů vzniklých radiolýzou prostředí obklopujícího studovanou biomolekulu je založen na metodě Monte Carlo (simulace vzniku a difúze radikálů) a teorii Smoluchowského (chemické reakce OH radikálů s proteiny, zahrnutí vlivu ostatních produktů radiolýzy také simulace přímého účinku IZ (excitace a ionizace atomů DNA a proteinů). Výběr studovaných komplexů DNA-protein je ovlivněn dosažitelností jejich atomárních struktur v databankách (PDB, NDB) nebo molekulárním modelováním (program SYBYL) a případně též experimentálně měřených výtěžků radiačně indukovaných poškození. Pravděpodobnosti reakcí radikálů s DNA aproteiny budou analyzovány s ohledem na strukturu komplexů a charakteristiky IZ s cílem určit výtěžky a závažnost biologických poškození.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Vyvinutá metodika pro predikci poškození biomolekul produkty radiolýzy byla použita pro komplexy lac operátoru s lac represorem a DNA oligomerů s Fpg a hOGG1 proteiny. Byl stanoven vliv interakce partnerů na výtěžky a rozdělení poškození.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2001
Realization period - end
Jan 1, 2003
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2004/AV0/AV04IA/U/N/3:2
Data delivery date
Oct 13, 2004
Finance
Total approved costs
1,543 thou. CZK
Public financial support
738 thou. CZK
Other public sources
805 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK