All
All

What are you looking for?

All
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Effects of drugs on radiation induced damages of DNA

Project goals

The project includes simulation of radiation attack on DNA complexes with ligands interacting by intercalation, minor or major groove binding. The suggested approach applies an original theoretical model which takes into account the effects of free radicals produced by the radioation in DNA surrounding. Our recently developed model is based on Monte Carlo simulation method (simulation of origin and diffusion of radicals) and Smoluchowski theory (chemical reactions of radicals with ligands and DNA).The three-dimensional atomic structures of DNA-ligand complexed used in simulations will be obtained from structure databanks (PDB, NDB) or will be calculated by the energy minimization of studied complexes (software SYBYL). Probabilities of radical attack tothe reaction sites of DNA and ligands will be calculated and compared to the structural parameters of complexes. The results will be analyzed in relation to radiation induced DNA damages.

Keywords

Public support

  • Provider

    Academy of Sciences of the Czech Republic

  • Programme

    Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic

  • Call for proposals

  • Main participants

    Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

  • Contract ID

Alternative language

  • Project name in Czech

    Vliv ligandů na radiačně indukovaná poškození DNA

  • Annotation in Czech

    Projekt je zaměřen na teoretické modelování účinku ionizujícího záření (IZ) na komplexy DNA s různými ligandy (interkalátory, ligandy v malé a velké rýze). Navrhovaný přístup využívá dříve vytvořený teoretický model, který simuluje účinek volných radikálů vzniklých radiolýzou prostředí obklopujícího studovanou DNA. Model je založen na simulační metodě Monte Carlo (simulace vzniku a difuse radikálů) a teorii Smoluchowského (chemické reakce radikálů s DNA a ligandy). Třídimensionální atomické struktury komplexů DNA-ligand používané v simulacích budou získány buďto z databank (PDB, NDB) a nebo budou určeny molekulárním modelováním pomocí minimalizace energie studovaných komplexů (program SYBYL). Pravděpodobnosti reakcí radikálů s reačními místy DNA a ligandů budou porovnávány s parametry struktury komplexů a dostupnými experimentálními daty. Výsledky budou analyzovány s ohledem na výtěžky a závažnost poškození DNA způsobených IZ.

Scientific branches

  • R&D category

  • CEP classification - main branch

    BO - Biophysics

  • CEP - secondary branch

    CE - Biochemistry

  • CEP - another secondary branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • 10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
    10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
    10605 - Developmental biology
    10608 - Biochemistry and molecular biology
    10609 - Biochemical research methods
    10610 - Biophysics
    30101 - Human genetics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    Teoretický model RADACK byl upravaen a aplikován pro simulace nepřímého účinku ionizujícího záření na DNA interagující s různými ligandy. Konfrontací s experimentálními daty byl vysvětlen vliv struktury komplexů na výtěžky a distribuce poškození.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 1999

  • Realization period - end

    Jan 1, 2000

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP/2001/AV0/AV01IA/U/N/4:2

  • Data delivery date

Finance

  • Total approved costs

    282 thou. CZK

  • Public financial support

    226 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK

Basic information

Recognised costs

282 CZK thou.

Public support

226 CZK thou.

80%


Provider

Academy of Sciences of the Czech Republic

CEP

BO - Biophysics

Solution period

01. 01. 1999 - 01. 01. 2000