Radiolytic damage of DNA bases
Project goals
Oxidative damage of DNA bases belongs to the most severe DNA damages caused by ionizing radiation. Presented project is aimed to the theoretical predictions of the yields of reactions of radiolytic species (OH, H, eaq-) with individual nucleobases, nucleosides and short DNA oligomers. The diffusion of radicals produced by water radiolysis will be simulated by Monte Carlo technique, radical reactions with particular atoms of bases and deoxyribose will be calculated according to Smoluchowski theory. Probabilities of reactions with particular sites within nucleobases, nucleosides, and DNA oligonucleotides will be compared to available experimetally determined yields of base damages caused by ionizing radiation or other chemical oxidative agents. The goalof the work is to establish differences in reactivity of free DNA bases and bases within double stranded DNA. The effect of surrounding base sequence and DNA dynamics will be taken into account.
Keywords
DNA basesradical attackhydroxyl radicalionizing radiationtheoretical modeling
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 2 (SAV02004-J)
Main participants
Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Poškození bází DNA produkty radiolýzy vody
Annotation in Czech
Poškození bází DNA patří mezi nejzávažnější poškození DNA účinkem ionizujícího záření. Projekt je zaměřen na teoretické simulace reakcí produktů radiolýzy (OH, H, eaq-) s jednotlivými bázemi, nukleosidy a krátkými fragmenty DNA. Difúze radikálů vzniklýchradiolýzou prostředí bude simulována metodou Monte Carlo, reakce radikálů s jednotlivými atomy bází a deoxyribózy budou modelovány podle teorie Smoluchowského. Pravděpodobnosti reakcí radikálů s jednotlivými bázemi, nukleosidy, a oligonukleotidy DNA budou porovnány s dostupnými výtěžky modifikovaných bází vystavených účinkům ionizujícího záření nebo jiným oxidačním činidlům. Cílem práce je určit rozdíl v reaktivitě bází DNA vyskytujících se samostatně a nebo v makromolekule DNA. Bude také stanoven vlivokolních bází a dynamiky dvoušroubovice DNA.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Probabilities of OH? radical reaction with base atoms obtained by theoretical calculations were compared to exper. yields of radiolytically damaged bases. The reactivity of particular atoms and the whole individual bases and within DNA were determined.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-KJ-U/07:5
Data delivery date
Feb 12, 2014
Finance
Total approved costs
278 thou. CZK
Public financial support
278 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
278 CZK thou.
Public support
278 CZK thou.
100%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
CE - Biochemistry
Solution period
01. 01. 2004 - 01. 01. 2005